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Ecole Doctorale COMPLEXITE DU VIVANT – Fiche Projet CONCOURS
Nom et prénom du directeur de thèse (et si besoin du co-directeur) : Dock-Bregeon Anne-Catherine
Le directeur de thèse et le co-directeur doivent impérativement être habilités à diriger les recherches (HDR)
Coordonnées
Tel :
0298292332
e-mail :[email protected]
Nom et prénom du co-encadrant (non HdR ) (s’il y a lieu) :
Coordonnées Tel :
e-mail :
Nom et prénom du responsable de l’équipe : Cormier Patrick
Nombre de chercheurs et enseignants-chercheurs statutaires de l’équipe titulaires d’une HDR :
5
Nom et prénom du responsable du laboratoire :Boyen Catherine
Intitulé du laboratoire et N° d’unité : Laboratoire de biologie intégrative des modèles marins, UMR 8227
Spécialité : Biochimie, Biologie structurale
Titre du projet de thèse :
Triggering translation at fecondation : How RNA structures support cap-independent initiation.
Résumé du projet de thèse (1 page maximum, en anglais)
Translation initiation accounts for a major part of gene expression regulation, and its perturbations has deleterious effect,
notably in cancer. Besides the general, cap-dependant, translation initiation process where an initiation complex scans the
5’UTR of mRNA from the 5’cap to find the initiation codon, an alternative initiation process exists. The initiation complex
binds closer to the initiation codon thanks to an Internal Ribosome Entry Site (IRES). Such system is widely used by
viruses, where such RNA structures where shown to function by capturing the preinitiation complex or mimick initiation
factors (eIFs). Cellular IRES of non-viral origin account for about 10% of protein production in human, mostly,
interestingly, when the eIFs are less active, in conditions of apoptosis, amino acid starvation, hypoxia or mitosis. In cellular
IRES, the structure of the RNA is more elusive, and requires a protein (ITAF, IRES-trans acting factor) to function.
An interesting model to study translational control is sea urchin, where the first cellular cycles of early development are
supported by maternal messengers RNAs, and fertilization triggers an activation of the translation machinery. A global
analysis realized in the team showed that among the RNAs translated following fertilization, some produce proteins
identified previously as possible ITAF, such as DAP5. Protein DAP5 has been found in human to function as a platform for
assembly of initiation factors, including eIF3, which directly binds the 40S small subunit of the initiating ribosome. Human
DAP5 has been shown to bind RNAs, but what determines and what results of this event is still to be discovered.
The project is to study the RNA-binding function of DAP5 in sea urchin with a structural approach. Search for the IRES
motif will be made with a bioinformatics analysis of the RNAs translated in the first cycles and biochemically in urchin cell
extracts (RNA-immunoprecipitation). The protein will be prepared as recombinant to monitor direct binding with RNA
candidates. Complexes will be prepared for crystallization and analyzed by Small Angle X-rays Scattering. We expect to
unveil the mysteries of cellular IRESs.
Candidates should be highly motivated. Experience in RNA handling is a strong advantage, as well as a taste for informatics
and/or biophysics.
1
Ecole Doctorale COMPLEXITE DU VIVANT – Fiche Projet CONCOURS
Thèses actuellement en cours dans l’équipe
Nom et Prénom du doctorant
Moundoyi Mboungou Harold
Nom du directeur de thèse
Patrick Cormier
Année de 1ere
inscription et
Ecole Doctorale
2016
Financement pendant la thèse
½ LABEX CALSIMLAB ;
½ ARED BRETAGNE
Trois publications récentes du directeur de thèse (du co-directeur ou du co-encadrant s’il y a lieu).Mettre en gras le nom
du directeur de thèse.
1.
Martinez-Zapien, D., Saliou, J.M., Han, X., Atmanene, C., Proux, F., Cianferani, S. and DockBregeon, A.C. (2015) Intermolecular recognition of the non-coding RNA 7SK and HEXIM
protein in perspective. Biochimie. PMID: 25863285
2.
Uchikawa, E., Natchiar, K.S., Han, X., Proux, F., Roblin, P., Zhang, E., Durand, A., Klaholz, B.P.
and Dock-Bregeon, A.C. (2015) Structural insight into the mechanism of stabilization of
the 7SK small nuclear RNA by LARP7. Nucleic acids research, 43, 3373-3388.
3.
Lebars, I., Martinez-Zapien, D., Durand, A., Coutant, J., Kieffer, B. and Dock-Bregeon, A.C.
(2010) HEXIM1 targets a repeated GAUC motif in the riboregulator of transcription 7SK
and promotes base pair rearrangements. Nucleic acids research, 38, 7749-7763.
Docteurs encadrés par le directeur de thèse ayant soutenu après septembre 2010 et publications relatives à leur sujet de thèse.
Mettre en gras le nom du directeur de thèse et celui du docteur.
Nom Prénom : Martinez-Zapien Denise
Date de soutenance : 22/09/2011
Durée de thèse (en mois): 48
2
Ecole Doctorale COMPLEXITE DU VIVANT – Fiche Projet CONCOURS
Ecole Doctorale : Strasbourg ED414
Publications :
1.
2.
3.
Martinez-Zapien, D., Saliou, J.M., Han, X., Atmanene, C., Proux, F., Cianferani, S. and
Dock-Bregeon, A.C. (2015) Intermolecular recognition of the non-coding RNA 7SK and
HEXIM protein in perspective. Biochimie. PMID: 25863285
Gajda, M.J., Martinez Zapien, D., Uchikawa, E. and Dock-Bregeon, A.C. (2013) Modeling
the structure of RNA molecules with small-angle X-ray scattering data. PloS one, 8,
e78007.
Lebars, I., Martinez-Zapien, D., Durand, A., Coutant, J., Kieffer, B. and Dock-Bregeon,
A.C. (2010) HEXIM1 targets a repeated GAUC motif in the riboregulator of transcription
7SK and promotes base pair rearrangements. Nucleic acids research, 38, 7749-7763.
Nom Prénom : Uchikawa Emiko
Date de soutenance :1 mars 2011
Durée de thèse (en mois): thèse démarrée au Japon puis
12 mois en France (échange France-Japon)
Ecole Doctorale :ED414 (Uni Strasbourg) en co-tutelle
avec Ochanomizu University, Tokyo
Publications :
1.
2.
Uchikawa, E., Natchiar, K.S., Han, X., Proux, F., Roblin, P., Zhang, E., Durand, A., Klaholz,
B.P. and Dock-Bregeon, A.C. (2015) Structural insight into the mechanism of
stabilization of the 7SK small nuclear RNA by LARP7. Nucleic acids research, 43, 33733388.
Gajda, M.J., Martinez Zapien, D., Uchikawa, E. and Dock-Bregeon, A.C. (2013) Modeling
the structure of RNA molecules with small-angle X-ray scattering data. PloS one, 8,
e78007.
A noter : Thèse en cours sous la direction A.C. Dock-Bregeon (soutenance prévue Juin 2016)
HAN Xiao Durée de thèse 48 mois
ED 515 UPMC en collaboration IBENS-ECNU (East China Normal University)
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