Survey
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
מבנה הקשר הפוספודיאסטרי )1קשר '5' – 3 פוספו די-אסטרי )2כיווניות )3קצה ‘5 קצה ‘3 )4במעלה או במורד הזרם ( upstream or )downstream זיווגי בסיסים basepairing - בסיס משלים מבנה הסליל הכפול dsDNA *הסליל מפותל סביב ציר מרכזי *הבסיסים פונים למרכז הציר Helix axis DNA road מגרעת C:G and T:A כיווניות קשר פוספו A = 10-10 Mili (m) = 10-3 Micro (m) = 10-6 Nano (n) = 10-9 Pico (p) = 10-12 Fenta (f) = 10-15 A = 10-10 דנטורציה ורנטורציה And Denaturation דנטורציה ורנטורציה של DNA דנטורציה ספקטרופוטומטר Light I0 I Glass cell filled with concentration of solution (C) DNA Denatures at High Temperatures שאלה :אורך הגנום ההומני הוא 3טרליון זווגי בסיסים ,לעומתו אורך הגנום של חיידק ה e. coli-הוא 1.5מיליון זיווגי בסיסים .הגנום ההומני מורכב מ 47%-זיווגי בסיסים של GCולעומתו הגנום של החיידק בעל 52%של .GCלמי טמפרטורת Tmיותר גבוה? • • • • .1לאדם .2לחיידק .3אין מספיק מידע .4לשניהם Tmזהה רנטורציה Census of human repeats Over 40% of the human genome corresponds to interspersed repeats IHGSC. Nature (2001) 409 860-921 fraction reassociated Types of DNA in each kinetic component Human genomic DNA: kinetic components and classes of sequences Human genomic DNA 0 "Foldback" About a million copies of Alu repeats, each 0.3 kb 0.25 About 50,000 copies of L1 repeats (0.2 to 7 kb in length), plus 1000 to 10,000 copies of at least 10 other familes of interspersed middle repetitive DNA (e.g. THE LTR repeats) 0.50 Thousands of copies of rRNA genes 0.75 About 50,000 to 100,000 "single copy" genes 1.00 10 -6 -5 10 -4 10 -3 10 -2 10 10 -1 Cot 10 0 1 10 10 2 3 10 4 10 10 5 פטריות אצות 30-40,000 genes מבנה הכרומוזום בשלב חלוקת התא Gene 3 גן – אזור ב-ד.נ.א מימנו מתורגמת מולקולת ר.נ.א בעלת פעילות ביולוגית אינטרונים – רצפים שמוסרים בגרעין ולא נשארים במולקולת הרנא הבוגר אקסונים – רצפים שנשארים במולקולת הרנא הבשלה אינטרונים נמצאים רק באוקריוטים אקסון – רצף שנשאר ברנא לאחר העיבוד ועובר לציטופלזמה אינטרון – רצף המוסר מהרנא בגרעין אקסון אינטרון פרומוטר מהם הכרומוזומים? • • • • .1אתרי עיגון של הדנא בגרעין .2מבנה הגרעין .3מיכלי אריזה של הדנא .4מיכלי אריזה של החלבונים Human genome 2.91 billion base pairs 24,000 protein coding genes (~32,000 non-coding genes) 1.5% exons (127 nucleotides) 24% introns (~3,000 nucleotides) 75% intergenic (no genes) Average size of a gene is 27,894 bases Contains an average of 8.8 exons Titin contains 234 exons. We humans are 99.9% identical at the DNA sequence level • There are still ~3 million nucleotide differences among us called SNPs (60,000 within the exons)---that presumably account for differences in disease susceptibility, drug responses, etc. • Polymorphic variation between and within populations • Implications for concepts of “race,” “individuality” 24,000 Duchenne Muscular Dystrophy ניוון שרירים MOLECULAR BIOLOGY OF THE DISEASE Duchenne Muscular Dystrophy is one of more than twenty different types of muscular dystrophy. The Duchenne type affects only boys and is known to result from a defect in a single important protein in muscle fibers called Dystrophin. The muscle fiber will break down if the Dystrophin is missing and is unable to function properly. As a result, the reduction in the number of good muscle .fibers and the whole muscle becomes weak כמה מחלות גנטיות יכולות להיות? • • • • .1לא יותר מ100- .2כ 1000-מחלות .3כ 10000-מחלות .4כמספר הגנים. Chromatin Packing Condensin plays important roles Histoneהיסטונים HDAC HDAC activity HAT מבנה הנוקלאוזום סיכת ביטחון Nucleosome Structures Histone octamer 2 H2A 2 H2B 2 H3 2 H4 Histones binding to DNA The bending of DNA in a nucleosome 1. Flexibility of DNAs: A-T riched minor groove inside and G-C riched groove outside 2. DNA bound protein can also help Structural Organization of the Core Histones The Assembly of the Core Histones Notice the long tails of the octamer ?מה המשמעות של זנבות ההיסטונים H2A H2B H3 H4 The function of Histone tails Covalent Modification of core histone tails Acetylation of lysines (K) Mythylation of lysines Phosphorylation of serines (S) Histone acetyl transferase (HAT) Histone deacetylase (HDAC) HDAC activity אפיגנטיקה Acetylation Mythylation שאלה :איזה מבין ההיסטונים עובר הכי הרבה מודיפיקציות? H2a H2b H3 H4 1. 2. 3. 4. Zigzag model of the 30-nm chromatin fiber מנוקלאוזום לסלנואיד solenoid מבנה הכרומוזום בשלב המטפזי אופן אריזת הDNA בתא :מהנוקלאוזום לכרומוזום. Histon assembly movie DNA to chromatin Total number of chromosomes/somatic (body) cell There is no connection between the number of chromosomes and the genome size, gene content, or any other feature of genomes. It is and essentially independent characteristic. Species Fruit fly Planaria Frog Cat Mouse Macaque Human Dog 8 16 26 38 40 42 46 78 Species Corn Algae Potato Yeast Penicillin mold 20 20 48 32 4 Smallest number of chromosomes known in a eukaryote: 1 pair (2 total per somatic cell) Myrmecia pilosula Largest number of chromosomes known in a eukaryote: 630 pairs (1260 total per somatic cell) Ophioglossum reticulatum, a fern Chromatine compartment Cockayne syndrome group B (CSB) cells that fail to express CSB protein which causes profound neurological and developmental defects ) עם סמן לגן (נקודה לבנהDNA- של הDAPI צביעת Chromosomal fragile sites are loci that are especially prone to forming gaps or breaks on metaphase chromosomes when cells are cultured under conditions that inhibit DNA replication or repair. The relationship of "rare" folate sensitive fragile sites with (CCG)n expansion and, in some cases, genetic disease is well established. Fragile X syndrome What is Fragile X syndrome? Fragile X syndrome is the most common inherited cause of mental impairment, affecting approximately 1 in 2,000 males and 1 in 4,000 females worldwide. Cytogenetic analysis of metaphase spreads demonstrates the presence of the fragile .)site in less than 60% of cells in most affected individuals. In 1991, the fragile X gene (FMR1) was characterized and found to contain a tandem repeated trinucleotide sequence (CGG) near its 5' end. The mutation responsible for fragile X syndrome involves expansion of this repeat segment. The number of CGG repeats in the FMR1 genes of the normal population varies from six to approximately 50. There are two main categories of mutation, premutations of approximately 50 to 200 repeats and full mutations of more than approximately 200 repeats. There is no clear Mitosis animation