Download DETEKSI FELINE CORONA VIRUS (FCoV) DENGAN METODE

DETEKSI FELINE CORONA VIRUS (FCoV) DENGAN METODE REVERSE
TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) DI BALI
Oleh : I Putu Cahyadi Putra
Pendahuluan
Penyakit Feline Infectious Peritonitis (FIP) merupakan penyakit yang disebabkan
oleh Feline Corona Virus (FCoV). Penyakit ini menyerang kucing dengan gejala klinis dibagi
menjadi dua bentuk. FIP bentuk kering memiliki gejala, letargi, demam, kehilangan nafsu
makan, terdapat gejala syaraf yaitu paralisis, kehilangan keseimbangan, tremor, retensi urin,
konvulsi, perubahan tingkah laku, pupil ireguler serta daya hidup hanya satu tahun setelah
tampaknya gejala. FIP bentuk basah memiliki gejala khas yaitu akumulasi cairan
serofibrinous pada rongga-rongga tubuh seperti abdomen dan rongga thoraks. Lapisan serosa
organ pencernaan, hati dan usus banyak terdapat granuloma yang bersifat translucent
dan berdiameter dua millimeter (Carlton dan McGavin, 1995).
Banyak laporan kucing yang terserang peritonitis dan diduga disebabkan oleh FCoV.
Arimbi (2010) dan Aswar (2009) melaporkan kejadian kasus kucing dengan gejala peritonitis
di Surabaya dan diduga disebabkan oleh FCoV. Widyamartha (2010) telah memaparkan
gambaran histopatologi hati kucing yang diduga terserang FIP. Namun untuk meneguhkan
diagnosa definitif suatu penyakit salah satunya dapat menggunakan uji RT-PCR sebagai
pengujian genome dari virus.
FCoV merupakan virus beramplop dan ssRNA. Genom FCoV memiliki lebih dari
29.000 nukleotida dan 11 open reading frames (ORF) sebagai gen structural, non struktural
dan aksesoris. Yang bergerak sebagai gen reseptor adalah gen S yang terdapat pada protein
permukaan. HR1 dan HR2 bergerak sebagai gen fusi. Ke 23 dari 5’ dari virus ini terdapat
ORF1a dan ORF1b. ORF1a berperan sebagai inisiasi translasi ribosome. ORF memiliki
empat protein struktural yaitu spike (S) nukleokapsid (N), membrane (M) dan envelope (E)
(Kipar dan Meli, 2014; Pedersen, 2014).
Salah satu primer yang dapat digunakan untuk mendeteksi FCoV adalah pada gen
nsp14 yaitu primer depan nsp14-F (5′-GTGATGCTATCATGACTAG-3′) dan primer
belakang nsp14-F (5′-GTGATGCTATCATGACTAG-3′) yang menghasilkan produk PCR
417 bp (Tanaka et al., 2015). Namun banyak metode modifikasi PCR untuk mendeteksi
FCoV yaitu mRNA PCR (Simons et al., 2005) dan nested RT-PCR (Benetka et al., 2004).
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat kejadian FIP pada kucing di Bali
dengan menggunakan metode RT PCR. Diharapkan penelitian ini dapat memberikan
gambaran kejadian FIP di Bali dengan diagnosa definitif untuk kajian penyakit pada kucing.
Mengingat belum ada data tentang kejadian maupun seroprevalensi tentang FIP di Bali,
sedangkan kasus di praktisi telah banyak ditemukan kejadian peritonitis yang diduga
disebabkan oleh FCoV.
Metode Penelitian
Materi yang digunakan dalam penelitian ini adalah sampel dari cairan ascites, efusi
pleura, darah dan feses kucing. Bahan yang digunakan dalam penelitian ini adalah kit Trizol
untuk isolasi RNA Virus, sepasang primer (Tanaka et al., 2015), enzim SuperScriptTM III One
Step RT PCR System with Platinum® Taq DNA Polymerase (Invitrogen) dan gel agarose 1%.
Alat yang digunakan adalah tip mikropipet, mikropipet, ependorf, kaca bengkok, ose, vortex,
inkubator, lemari pendingin, bunsen, timbangan elektrik, steerer, laminar flow, water bath,
tube 2 ml, alat sentrifugasi, spectrophotometer, autoclave, mesin Thermalcycler Model
TC25/H, alat elektroforesis, UV transilluminator, kamera digital. Metode yang digunakan
adalah isolasi RNA dengan Trizol, RT-PCR dengan Taq Polymerase dengan mesin
Termocycler serta elektroforesis kemudian dilanjutkan dengan sequencing dan identifikasi di
Gen Bank (Mahardika et al., 2015).
Daftar Pustaka
Arimbi. 2010. Studi Kasus : Suspect Feline Infectious Peritonitis (FIP) Pada Kucing Ras di
Surabaya. Veterinaria Medika 3 (2) : 109-114.
Aswar. 2009. Studi Kasus Patologi Feline Infectious Peritonitis pada Anak Kucing (Felis
catus). Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.
Benetka V, Kubber-Heiss A, Kolodziejek J, Nowotny N, Hofmann-Parisot M, Mostl K. 2014.
Prevalence of feline coronavirus types I and II in cats with histopathologically
verified feline infectious peritonitis. Veterinary Microbiology 99 (2004) 31–42.
Carlton WW, McGavin MD. 1995. Thomson’s special Veterinary Pathology Second
Edition. Missouri : Mosby-Year Book, Inc.
Kipar A, Meli ML. 2014. Feline Infectious Peritonitis : Still an Enigma?. Veterinary
Pathology 51(2) : 505-526.
Mahardika IGNK, Astawa INM, Kencana GAY, Suardana IBK, Sari TK. 2015. Teknik Lab
Virus. Udayana University Press. Denpasar.
Pedersen NC. 2014. An update on feline infectious peritonitis: Virology and
immunopathogenesis. The Veterinary Journal 201 (2014) 123–132
Simons FA, Vennema H, Rofina JE, Pol JM, Horzinek MC, Rottier PJM, Egberink HF. 2005.
A mRNA PCR for the diagnosis of feline infectious peritonitis. Journal of
Virological Methods 124(2005) 111–116.
Tanaka Y, Sasaki T, Matsuda R, Uematsu Y, Yamaguchi T. 2015. Molecular epidemiological
study of feline coronavirus strains in Japan using RT-PCR targeting nsp14 gene.
BMC Veterinary Research (2015) 11:57.
Widhyamartha GR. 2010.Kajian Histopatologi Hati Kucing yang Terpapar Feline Infectious
Peritonitis (FIP). Skripsi. Institut Pertanian Bogor. Bogor.