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Aprendiendo a programar con Python
Curso en 8 horas
¿Qué es un programa?
Un programa es un conjunto de instrucciones
diseñadas para ordenar a la computadora a hacer
algo.
Es similar a una receta de cocina, que consiste en
una lista de ingredientes e instrucciones paso a
paso donde se usan dichos ingredientes.
Receta
Tomates fritos.
Ingredientes:
1 Tomate
200 gr Queso
1 huevo
100 gr Pan rallado
Aceite
Instrucciones:
Cortar el tomate en 2 rodajas. Poner queso entre las rodajas,
mezclar con huevo, cubrir con pan rallado y freir en aceite
hasta que se dore.
Primer programa
Código
seq1 = 'Hola'
seq2 = ' mundo!'
total = seq1 + seq2
print total
Resultado
Hola mundo!
Niveles de
abstracción
Ejemplo bajo y alto nivel
Bajo nivel (código máquina x86)
8B542408
FA027706
B9010000
C84AEBF1
83FA0077 06B80000 0000C383
B8010000 00C353BB 01000000
008D0419 83FA0376 078BD98B
5BC3
Alto nivel (Python)
def fib(n):
a, b = 0, 1
for i in range(n):
a, b = b, a + b
return a
Ejemplo bajo y alto nivel
Bajo nivel (bytecode de Python)
0 LOAD_CONST
3 PRINT_ITEM
4 PRINT_NEWLINE
1 ('Hello, world!')
Alto nivel (Python)
print 'Hello, world!'
Compilación
“Traducción” desde el
código fuente a
instrucciones
“ejecutables”
Gráfico CC-SA-NC 3.0 Fuente:
https://www.cs.utk.edu/~help/doku.php?id=compile:c
Consecuencias de la compilación
•Tiempo de compilación
•Aceleración en la ejecución del software
•Software dependiente de una plataforma
Paradigmas de programación
•
•
•
Procedural / Estructurada: C, Pascal,
Perl.
Orientada a Objetos: C++, Java.
Lógico: Prolog, Lisp.
Programación procedural
Los programas tienen rutinas o funciones con los pasos a seguir.
Beneficios:
•Estructurar el código en bloques para reutilizarlos.
•Seguimiento de la lógica del programa (sin saltos a posiciones
arbitrarias, aka “go to”).
POO (OOP)
Se usan objetos para diseñar los programas. Los objetos
son estructuras de datos que tienen propiedades
(caracteristicas) y métodos (acciones) que le son propios.
Caracteristicas:
•Encapsulación
•Abstracción de datos
•Polimorfismo
•Herencia
Python: Especificación e implementación
Especificación: Definición de caracteristicas
del lenguaje
Implementación: Programa que cumple con
dicha especificación. Ej.: CPython,
IronPython, Jython
Características de Python
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Fácil de aprender y de programar
Fácil de leer (similar a pseudocódigo)
Interpretado (Rápido para programar)
Datos de alto nivel (listas, diccionarios, sets, etc)
Libre y gratuito
Multiplataforma (Win, Linux y Mac)
Pilas incluidas
Cantidad de bibliotecas con funciones extras
Comunidad
Leer archivo y cargarlo en array
VB
Dim i, j, Array_Used As Integer
Dim MyArray() As String
Dim InBuffer, Temp As String
Array_Used = 0
ReDim MyArray(50)
'open a text file here . . .
Do While Not EOF(file_no)
Line Input #file_no, MyArray(Array_Used)
Array_Used = Array_Used + 1
If Array_Used = UBound(MyArray) Then
ReDim Preserve MyArray(UBound(MyArray) + 50)
End If
Loop
'simple bubble sort
For i = Array_Used - 1 To 0 Step -1
For j = 1 To i
If MyArray(j - 1) > MyArray(j) Then
'swap
Leer archivo y cargarlo en lista
Python
# Abrir un archivo de texto . . .
file_object = open(FILENAME)
# Leer todas las lineas del texto en una lista (similar a un array)
lista = file_object.readlines()
# Ordenar la lista
lista.sort()
Las pilas puestas
La biblioteca estándar ayuda con...
Servicios del sistema, fecha y hora, subprocesos, sockets,
i18n y l10n, base de datos, threads, formatos zip, bzip2,
gzip, expresiones regulares, XML (DOM y SAX),
Unicode, SGML, HTML, XHTML, email, manejo
asincrónico de sockets, clientes HTTP, FTP, SMTP,
NNTP, POP3, IMAP4, servidores HTTP, SMTP,
debugger, random, curses, logging, compilador,
decompilador, CSV, análisis lexicográfico, interfaz
gráfica incorporada, matemática real y compleja,
criptografía, introspección, unit testing, doc testing, etc.,
etc...
Bibliotecas externas
•
Bases de datos
–
•
Interfaces gráficas
–
•
Qt, GTK, win32, wxWidgets, Cairo
Frameworks Web
–
•
MySQL, PostgresSQL, MS SQL, Informix, DB/2,
SQLite
Django, Turbogears, Zope, Plone, webpy
Y un montón más de temas...
–
–
Biopython: Manejo de secuencias genéticas
PIL: para trabajar con imágenes
Mas pilas...
•
Bases de datos
–
•
Interfaces gráficas
–
•
Qt, GTK, win32, wxWidgets, Cairo
Frameworks Web
–
•
MySQL, PostgresSQL, MS SQL, Informix, DB/2,
SQLite
Django, Turbogears, Zope, Plone, webpy
Y un montón más de temas...
–
–
Biopython: Manejo de secuencias genéticas
PIL: para trabajar con imágenes
CPython e IDLE
Práctica
en
intérprete
interactivo
>>> 2+2
4
>>> _*4
16
>>> 10/3
3
>>> float(10)/3
3.3333333333333335
>>> 10.0/3
3.3333333333333335
>>> int(2.1)
2
>>> int(2.9)
2
>>> round(2.9)
3.0
>>> int(round(2.9))
3
>>> round(2.932224,2)
2.9300000000000002
>>> print round(2.932224,2)
2.93
Práctica en intérprete interactivo
II
>>> "hola" + " mundo!"
'hola mundo!'
>>> ("hola" + " mundo!").upper()
'HOLA MUNDO!'
>>> ' 123'.strip()
'123'
>>> 123.strip()
File "<stdin>", line 1
123.strip()
^
SyntaxError: invalid syntax
>>> >>> str(123)
'123'
>>> int('123')
123
Help incorporado
>>> help()
Welcome to Python 2.6!
This is the online help utility.
If this is your first time using Python, you should definitely
check out the tutorial on the Internet at
http://docs.python.org/tutorial/.
Enter the name of any module, keyword, or topic to get help on
writing Python programs and using Python modules. To quit this
help utility and return to the interpreter, just type "quit".
To get a list of available modules, keywords, or topics, type
"modules", "keywords", or "topics". Each module also comes
with a one-line summary of what it does; to list the modules
whose summaries contain a given word such as "spam", type
"modules spam".
Tipo de datos: Primarios y derivados
Primarios (o primitivos): No necesitan de otro tipo de datos, como numericos
(int, float, decimal, complex) y str (cadenas).
Derivados: Agrupan a alguno de los anteriores, como listas, diccionarios,
tuplas, etc.
Se pueden subclasificar según distintos parámetros:
Ordenados (o secuenciales) – Desordenados
Mutables – Inmutables
>>> type(5)
<type 'int'>
>>> type(5.0)
<type 'float'>
>>> type(5 + 5.0)
<type 'float'>
>>> 5 + 5.0
10.0
>>> type(2+3j)
<type 'complex'>
>>> (2+3j).real
2.0
>>> (2+3j).imag
3.0
>>> type('Hola!')
<type 'str'>
>>> 'hola' + ' mundo!'
'hola mundo!'
>>> 'hela' + 2
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#32>", line 1, in <module>
'hela' + 2
TypeError: cannot concatenate 'str' and 'int' objects
>>> 'hela' + str(2)
'hela2'
Decimal
El “problema” de los números flotantes:
>>> 0.1 + 0.1 + 0.1 - 0.3
5.5511151231257827e-17
Una manera de evitar esto:
>>> round(0.1 + 0.1 + 0.1 - 0.3,1)
0.0
Alternativamente, para no perder precisión:
>>> from decimal import Decimal
>>> Decimal('0.1') + Decimal('0.1') + Decimal('0.1') - Decimal('0.3')
Decimal('0.0')
Mas información: http://docs.python.org/library/decimal.html
str (String o Cadenas)
>>> 'Hola mundo!'
'Hola mundo!'
>>> a='Hola mundo!'
>>> len(a)
11
>>> a.lower()
'hola mundo!'
>>> a.count('o')
2
>>> a.find('H')
0
>>> a.find('mundo')
5
>>> a.find('e')
-1
>>> a.index(' ')
4
>>> a.index('e')
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#52>", line 1, in <module>
a.index('e')
ValueError: substring not found
>>> a.split(' ')
['Hola', 'mundo!']
http://docs.python.org/library/string.html
Datos ordenados: Listas
>>>
>>>
>>>
[1,
>>>
5
>>>
[1,
>>>
[1,
>>>
[1,
>>>
>>>
[1,
>>>
>>>
[1,
>>>
1
>>>
4
>>>
[4,
>>>
5
mi_lista = [1,2,3]
mi_lista.append(5)
mi_lista
2, 3, 5]
mi_lista.pop()
mi_lista
2, 3]
mi_lista + [4]
2, 3, 4]
mi_lista
2, 3]
mi_lista = mi_lista + [4]
mi_lista
2, 3, 4]
mi_lista.extend([5,6])
mi_lista
2, 3, 4, 5, 6]
mi_lista[0]
mi_lista[3]
mi_lista[3:5]
5]
mi_lista[-2]
Mas sobre listas:
>>> variada = ['boga', 'cornalito', 'tararira']
>>> variada[2]
'tararira'
>>> variada[2][2:8]
'rarira'
>>> variada[2][2:]
'rarira'
>>> variada.append('pulpo')
>>> variada
['boga', 'cornalito', 'tararira', 'pulpo']
>>> variada.remove('cornalito')
>>> variada
['boga', 'tararira', 'pulpo']
>>> variada.sort()
>>> variada
['boga', 'pulpo', 'tararira']
>>> variada.index('pulpo')
1
>>> variada.index('pulpa')
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#33>", line 1, in <module>
variada.index('pulpa')
ValueError: list.index(x): x not in list
>>> 'pulpo' in variada
True
>>> 'pulpa' in variada
False
List comprehesion
>>> vec = [2, 4, 6]
>>> [3*x for x in vec]
[6, 12, 18]
>>> [3*x for x in vec if x > 3]
[12, 18]
>>> [3*x for x in vec if x < 2]
[]
>>> [[x,x**2] for x in vec]
[[2, 4], [4, 16], [6, 36]]
Tuplas: Similares a listas, aunque inmutables.
>>> t1 = ('sgn1545',5,45)
>>> t1[0]
'sgn1545'
>>> 5 in t1
True
>>> t1.index(45)
2
>>> t1.count(45)
1
>>> t1.append(4)
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#39>", line 1, in <module>
t1.append(4)
AttributeError: 'tuple' object has no attribute 'append'
>>> t1.pop()
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#40>", line 1, in <module>
t1.pop()
AttributeError: 'tuple' object has no attribute 'pop'
>>> t1.remove(45)
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#44>", line 1, in <module>
t1.remove(45)
AttributeError: 'tuple' object has no attribute 'remove'
Diccionarios: Datos agrupados por clave-valor, sin orden.
>>> en2es = {'blue':'azul','red':'rojo','black':'negro'}
>>> en2es['blue']
'azul'
>>> en2es['azul']
Traceback (most recent call last):
File "<pyshell#47>", line 1, in <module>
en2es['azul']
KeyError: 'azul'
>>> 'blue' in en2es #verifico que una clave exista en 1 dict.
True
>>> en2es.keys()
['blue', 'black', 'red']
>>> en2es.values()
['azul', 'negro', 'rojo']
>>> en2es.items()
[('blue', 'azul'), ('black', 'negro'), ('red', 'rojo')]
>>> en2es.get('green','N/D')
'N/D'
>>> es2en = {} #Diccionario vacio
>>> es2en['azul'] = 'blue' #Cargo un par clave-valor
>>> es2en
{'azul': 'blue'}
Ejemplo de diccionario
tom_map = { 1992: { 1:[ ('1A', 8.9), ('1B', 13.6), ('1C', 22.3), ('1D', 60.8), ('1E', 70.4),
('1F-G', 93.6), ('1H', 111.7), ('1I', 129.2), ('1J', 10000)], 2:[ ('2A', 1.6), ('2B', 16.2),
('2C', 18.6), ('2D', 22.5), ('2E', 27.6), ('2F', 44.8), ('2G', 68), ('2H', 72.4), ('2I', 76.1),
('2J', 100.5), ('2K', 122.9), ('2L', 10000)], 3:[ ('3A', 24.2), ('3B', 30.4), ('3C', 54.8),
('3D', 61.1), ('3E', 64.4), ('3F', 97), ('3G', 98.4), ('3H', 108), ('3I', 100000)], 4:[ ('4A',
2), ('4B', 6.6), ('4C', 32.9), ('4D', 38), ('4E', 50), ('4F', 58.4), ('4G', 100.5), ('4H',
113.2), ('4I', 10000)],
5:[ ('5A', 4.6), ('5B', 17.2), ('5C', 42.8), ('5D', 44.6), ('5E', 72.7), ('5F', 75), ('5G',
84.9), ('5H', 92.3), ('5I', 10000)], 6:[ ('6A', 25), ('6B', 31.8), ('6C', 42), ('6D', 61.9),
('6E', 69.6), ('6F', 89.6), ('6G', 10000)], 7:[ ('7A', 3), ('7B', 11), ('7C', 21), ('7D', 36.8),
('7E', 52.6), ('7F', 70.6), ('7G', 75.7), ('7H', 10000)], 8:[ ('8A-B', 18.2), ('8C', 20.1),
('8D', 41.1), ('8E', 61.3), ('8F', 80.6), ('8G', 89.1), ('8H', 10000)], 9:[ ('9A', 8.9), ('9B',
22), ('9C', 28.9), ('9D', 39), ('9E', 56.4), ('9F', 57.4), ('9G', 64.2), ('9H', 69.1), ('9I',
79), ('9J', 102.6), ('9K', 10000)], 10:[ ('10A', 12), ('10B', 37.3), ('10C-D', 48.8), ('10E',
64.6), ('10F', 84.1), ('10G', 10000)], 11:[ ('11A', 20.8), ('11B', 32.3), ('11C', 45.4), ('11D',
59.3), ('11E', 79.9), ('11F', 83.3), ('11G', 83.8), ('11H', 10000)], 12:[ ('12A', 13.8), ('12B',
28.2), ('12C', 32.5), ('12D', 41), ('12E', 47.6), ('12F', 67.3), ('12G', 86), ('12H', 91.8),
('12I', 10000)]} ,
2000 :{1:[ ('1A', 19.5), ('1B', 25), ('1C', 31.8), ('1D', 70), ('1E', 92.7), ('1F-G',
127.6), ('1H', 142), ('1I', 163), ('1J', 10000)],
2:[ ('2A', 4), ('2B', 13), ('2C', 16),
('2D-E', 31), ('2F', 45.1), ('2G', 81.2), ('2H', 85), ('2I', 90.1), ('2J', 116.1), ('2K', 143),
('2L', 10000)], 3:[ ('3A', 32), ('3B', 33), ('3C', 71.5), ('3D', 83), ('3E', 85), ('3F', 129),
('3G', 140), ('3H-I', 10000)], 4:[ ('4A-B', 12), ('4C', 46), ('4D', 56), ('4E', 72.5), ('4F',
75), ('4G', 101), ('4H', 124), ('4I', 10000)], 5:[ ('5A', 13.5), ('5B', 30), ('5C', 69), ('5D',
71.1), ('5E', 102), ('5F', 104), ('5G', 110.1), ('5H', 112), ('5I', 10000)], 6:[ ('6A', 33.5),
('6B', 38.6), ('6C', 50), ('6D', 71), ('6E', 81), ('6F', 96), ('6G', 10000)], 7:[ ('7A', 2),
('7B', 7), ('7C', 21.5), ('7D', 45.5), ('7E', 48), ('7F', 72.3), ('7G', 73), ('7H', 10000)], 8:[
('8A', 2), ('8B', 23.8), ('8C', 30), ('8D', 40), ('8E', 57), ('8F', 68.3), ('8G', 84), ('8H',
10000)], 9:[ ('9A', 4), ('9B', 28), ('9C', 32), ('9D', 35), ('9E', 50.3), ('9F', 53.7), ('9G',
57.5), ('9H', 62), ('9I', 72.5), ('9J', 102), ('9K', 10000)], 10:[ ('10A', 11), ('10B', 43),
('10C-E', 61.5), ('10F', 80), ('10G', 10000)], 11:[ ('11A', 20.5), ('11B', 36.5), ('11C', 49),
('11D', 76), ('11E', 90), ('11F-G', 92), ('11H', 10000)], 12:[ ('12A', 21), ('12B', 32.5),
('12C', 38), ('12D', 55.3), ('12E', 68.5), ('12F-G', 114), ('12H', 117), ('12I', 10000)]}}
Sets (Conjuntos)
>>> mi_set = set()
>>> mi_set.add('jose')
>>> mi_set.add('juan')
>>> mi_set.add('natalia')
>>> mi_set.add('viki')
>>> mi_set
set(['jose', 'juan', 'viki', 'natalia'])
>>> mi_set.pop()
'jose'
>>> mi_set
set(['juan', 'viki', 'natalia'])
>>> mi_set.add('jose')
>>> mi_set
set(['jose', 'juan', 'viki', 'natalia'])
>>> mi_set.add('jose')
>>> mi_set
set(['jose', 'juan', 'viki', 'natalia'])
>>> otro_set = set(['juan','karina','diana'])
>>> otro_set
set(['diana', 'juan', 'karina'])
>>> mi_set.intersection(otro_set)
set(['juan'])
>>> mi_set.union(otro_set)
set(['jose', 'viki', 'natalia', 'diana', 'juan', 'karina'])
>>> mi_set.difference(otro_set)
set(['jose', 'viki', 'natalia'])
Conversión de datos: En Python siempre es explicito
>>> rgb=dict([('blue','#0000FF'),('black','#000000'),('red','#FF0000')])
>>> rgb['black']
'#000000'
>>> list(t1)
['sgn1545', 5, 45]
>>> lista = list('Hago 1 lista')
>>> lista
['H', 'a', 'g', 'o', ' ', '1', ' ', 'l', 'i', 's', 't', 'a']
>>> tuple(lista)
('H', 'a', 'g', 'o', ' ', '1', ' ', 'l', 'i', 's', 't', 'a')
>>> str(lista)
"['H', 'a', 'g', 'o', ' ', '1', ' ', 'l', 'i', 's', 't', 'a']"
>>> ''.join(lista)
'Hago una lista'
>>> 'Hago una lista'.split(' ')
['Hago', 'una', 'lista']
Data I/O
Entrada:
input('prompt')
raw_input('prompt')
>>> edad =
Ingrese la
>>> edad
33
>>> edad =
Ingrese la
>>> edad
'33'
input('Ingrese la edad: ')
edad: 33
raw_input('Ingrese la edad: ')
edad: 33
Python 3: input() es raw_input()
Salida:
print
Python 3: print()
Estructuras de control de flujo
if: Condición

for: Repetición

while: Repetición

if
if <expresion1>:
<Instrucciones>
elif <expresion2>:
<Instrucciones>
else:
<Instrucciones>
if coord != 'N/A':
year = int(coord[0][-4:])
for
for <var> in <iterable>:
<instrucciones>
for x in [1, 3, 4]:
print x
while
while <expresion>:
<instrucciones>
while mi_set:
print mi_set.pop()
Ejercicios
Archivos
Lectura:
(1) Abrir (open)
(2) Leer (read, readlines, readline)
(3) Cerrar (close)
Escritura:
(1) Abrir (open)
(2) Guardar (write)
(3) Cerrar (close)
Leyendo un archivo:
(1)
La función open crea un “filehandle”.
open(filename[, mode[, bufsize]])
Ej:
fh = open('mi_archivo.txt','r')
(2)
read(n): Lee n bytes, por defecto lee el archivo entero.
readline(): Devuelve str con una sola linea
readlines(): Devuelve una lista con str por cada línea
fh = open('archivo.txt')
contenido = fh.read()
print contenido
fh = open('archivo.txt')
contenido = fh.readlines()
print contenido
contenido = ''
fh = open('archivo.txt')
while True:
line = fh.readline()
contenido += line
if line=''
break
print contenido
# Para todos:
fh.close()
Apertura secuencial de un archivo
fh = open('archivo.txt')
contenido = ''
for line in fh:
contenido += line
fh.close()
Leyendo con 'with' (Python 2.6 en adelante)
with EXPRESION as VARIABLE:
BLOQUE DE CODIGO
with open('archivo.txt') as fh:
for line in fh:
print line
Escribiendo archivos
Modos de escritura:
w: Write, graba un archivo nuevo, si existe, borrarlo.
a: Append (agregar), agrega información al final de un archivo preexistente. Si no existe, crea uno nuevo (uso típico: logs).
Ejemplo:
fh = open('/home/yo/archivo.txt','w')
fh.write('1\n2\n3\n4\n5\n')
fh.close()
Archivos CSV (Comma separated file)
Ejemplo:
Sebastián,Perez,33,23566777
Jose,Martinez,23,42121329
Karina,Gonzalez,32,24159857
Maria Laura,Yañes,19,43852144
Otro separador:
Sebastián;Perez;33;23566777
Jose;Martinez;23;42121329
Karina;Gonzalez;32;24159857
Maria Laura;Yañes;19;43852144
Leyendo CSV sin usar módulo CSV:
fh = open('archivo.txt')
for line in fh:
linea = line.split(',')
# procesar elementos:
nombre = linea[0]
apellido = linea[1]
# etc, etc
fh.close()
CSV con módulo CSV
import csv
lineas = csv.reader(open('fn.csv'))
for line in lineas:
nombre = line[0]
apellido = line[1]
Cambiando separador (delimitador):
lineas = csv.reader(open('fn.csv'),delimiter=';')
Dialectos:
>>> csv.list_dialects()
['excel-tab', 'excel']
Escribiendo archivos CSV
>>>
>>>
...
>>>
>>>
import csv
spamWriter = csv.writer(open('eggs.csv', 'w'), delimiter=' ',
quotechar='|', quoting=csv.QUOTE_MINIMAL)
spamWriter.writerow(['Spam'] * 5 + ['Baked Beans'])
spamWriter.writerow(['Spam', 'Lovely Spam', 'Wonderful Spam'])
Lectura y escritura de Excel: xlrd y xlwt
Instalando Easy_install:
En Windows: http://pypi.python.org/pypi/setuptools
Leyendo Excel:
import xlrd
iedb = {} # Empty dictionary
book = xlrd.open_workbook('sampledata.xls')
sh = book.sheet_by_index(0)
for i in range(1,sh.nrows): #skips fist line.
iedb[sh.cell_value(rowx=i, colx=1)] = \
sh.cell_value(rowx=i, colx=2)
Creando planillas Excel:
import xlwt
list1 = [1,2,3,4,5]
list2 = [234,267,281,301,331]
wb = xlwt.Workbook()
ws = wb.add_sheet('Primera hoja')
ws.write(0,0,'Column A')
ws.write(0,1,'Column B')
i = 1
for x,y in zip(list1,list2): #Walk 2 list @ once.
ws.write(i,0,x) # Fila, Columna, Datos.
ws.write(i,1,y)
i += 1
wb.save('mynewfile.xls')
Pickle: Persistencia simple de datos.
Pickle vs. cPickle
Grabar:
>>> spdict = {'blue':'azul','red':'rojo'}
>>> spdict
{'blue': 'azul', 'red': 'rojo'}
>>> import cPickle
>>> fh = open('spict.data','w')
>>> cPickle.dump(spdict, fh)
>>> fh.close()
Leer:
>>> spdict = cPickle.load(open('spict.data'))
>>> spdict
{'blue': 'azul', 'red': 'rojo'}
Modularizando el código
Ejemplo de función:
Parámetros fijos:
>>> len('Hola')
4
Parámetros variables:
>>>
[0,
>>>
[2,
>>>
[2,
range(5)
1, 2, 3, 4]
range(2,5)
3, 4]
range(2,5,2)
4]
Definición de función:
def Nombre_Funcion(parametro1, parametro2, etc):
''' Descripcion optativa '''
… código de la función …
return DATA
Ejemplo:
def tair_data(f_in):
tair9_d = {}
for rec in SeqIO.parse(open(f_in),'fasta'):
tair9_d[rec.id] = rec.description
return tair9_d
Importante: Ambito de variables
Mas ejemplos:
def sgn_u(bacsgn,rango_ini,rango_end,sgn_u_tomato_d):
"""
Procesa un nombre tipo 'C02HBa0106H06.1' con sus posiciones,
compara con datos en sgn_u_tomato_d y retorna cuales son.
"""
sgn_u = []
if bacsgn in sgn_u_tomato_d:
for gendata in sgn_u_tomato_d[bacsgn]:
if gendata[0] <= rango_ini <= rango_end <= gendata[1]:
sgn_u.append(sgns.get(gendata[2],gendata[2]))
return sgn_u
def august(name,rango_ini,rango_end,crms_d):
"""
Procesa un nombre tipo 'C02HBa0106H06.1' con sus posiciones,
compara con datos en crms_d y dice si es AUGUST + o -.
"""
if name in crms_d:
for x in crms_d[name]:
if x[0] <= rango_ini <= rango_end <= x[1]:
return True
return False
Función que “no devuelve nada” (devuelve None)
def savelist(L, fn):
'''
Una lista (L) es grabada como
archivo con nombre fn
'''
fh = open(fn,'w')
for x in L:
fh.write(x+'\n')
fh.close()
return None
Parametros por defecto
def savelist(L, fn='tmp.txt'):
'''
Una lista (L) es grabada como
archivo con nombre fn
'''
fh = open(fn,'w')
for x in L:
fh.write(x+'\n')
fh.close()
return None
Número indeterminado de argumentos
No se conoce de antemano cuantos argumentos irán en la función. El
argumento que tenga el * (asterisco) será pasado como una tupla.
def promedio(*numeros):
if len(numeros)==0:
return None
else:
return(float(sum(numeros))/len(numeros))
Número indeterminado de argumentos con claves
Los argumentos en exceso son pasados como diccionario
def cli(nombre,**parametros):
linea = ''
for p_key,p_vals in parametros.iteritems():
linea += ' -' + p_key + ' ' + p_vals
return nombre+linea
Módulos
Los módulos son archivos con instrucciones (funciones, clases) y datos
para ser usado desde un programa.
Usando módulos
>>> import os
>>> os.getcwd()
'/home/sbassi'
>>> from os import getcwd
>>> getcwd()
'/home/sbassi'
>>> from os import *
>>> getcwd()
'/home/sbassi'
>>> sep
'/'
>>> import xml.etree.ElementTree as ET
Instalando módulos
(1) Copiar al PYTHONPATH
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/usr/local/lib/python2.6/dist-packages/xlrd0.7.1-py2.6.egg', '/usr/local/lib/python2.6/distpackages/biopython-1.52-py2.6-linux-i686.egg',
'/usr/lib/python2.6', '/usr/lib/python2.6/platlinux2', '/usr/lib/python2.6/lib-tk',
'/usr/lib/python2.6/lib-old', '/usr/lib/python2.6/libdynload', '/usr/lib/python2.6/dist-packages',
'/usr/lib/python2.6/dist-packages/Numeric',
'/usr/lib/python2.6/dist-packages/PIL',
'/usr/lib/python2.6/dist-packages/gst-0.10',
'/var/lib/python-support/python2.6',
'/usr/lib/python2.6/dist-packages/gtk-2.0',
'/var/lib/python-support/python2.6/gtk-2.0',
'/usr/lib/python2.6/dist-packages/wx-2.6-gtk2unicode', '/usr/local/lib/python2.6/dist-packages']
Instalando módulos
(2) Usar gestor de paquetes
rpm, apt-get, etc
(3) Easy Install (easy_install)
$ sudo apt-get install python-setuptools
$ sudo easy_install NOMBRE_DEL_MODULO
Modulos como programas:
if __name__ == "__main__":
# hacer algo
Biblioteca estándar (PSL): http://docs.python.org/library/
import os
# directorio actual?
print os.getcwd()
# listo todos los archivos del dir actual
ma = os.listdir(os.getcwd())
# necesito solo los terminados en .txt
ma2 = []
for x in ma:
if x.endswith('.txt'):
ma2.append(x)
print ma2
# otra manera de retener los terminados en .txt
ma2 = [x for x in ma if x.endswith('.txt')]
print ma2
import glob
# directorio actual?
print os.getcwd()
# listo todos los archivos del dir actual
ma = os.listdir(os.getcwd())
# necesito solo los terminados en .txt
ma2 = []
for x in ma:
if x.endswith('.txt'):
ma2.append(x)
print ma2
# otra manera de retener los terminados en .txt
ma2 = [x for x in ma if x.endswith('.txt')]
print ma2
import zipfile
a_list = ["Test1.txt", "Test2.txt", "Test3.txt"]
# Guardar archivos en un zip
zfilename = "mi_archivozipeado.zip"
zout = zipfile.ZipFile(zfilename, "w")
for fname in a_list:
zout.write(fname)
zout.close()
import zipfile
myfile = zipfile.ZipFile('archivo.zip')
if myfile.is_zipfile(archivo.zip):
print "Es un archivo zip OK"
for fn in myfile.namelist():
print fn
myfile.extractall()
else:
print "No es un archivo zip valido"
>>> import time
>>> # esperar n segundos.
>>> time.sleep(2)
>>> time.asctime()
'Tue Dec 1 20:07:34 2009'
>>> time.time()
1259708878.824398
>>> time.time()
1259708882.5425911
>>> a = time.time()
>>> b = time.time()
>>> b-a
6.0693800449371338
Para medir tiempo de procesos, usar módulo timeit
import sys
from optparse import OptionParser
usage = "usage: %prog [password_file] [dictionary_file]\n"
usage += "or %prog [options] [password_file]\n\n"
usage += "Type %prog -h for more information"
parser = OptionParser(usage, version="%prog 1.0")
parser.add_option("-i", "--input", dest="input_file",
help="Input file. ")
parser.add_option("-d", "--dictionary", dest="dict_file",
help="Use a dictionary file. ")
(opts, args) = parser.parse_args()
if opts.input_file:
fh = open(opts.input_file)
elif args:
fh = open(args[0])
elif sys.stdin:
fh = sys.stdin
else:
parser.error("Enter an input file")
if len(args)==2:
fd = open(args[1])
elif opts.dict_file:
fd = open(opts.dict_file)
else:
parser.error('Enter a dictionary file or aspell dictionary')
Subprocess
import subprocess
cmd = ['ps', '-eo', 'pcpu']
p = subprocess.Popen(cmd, stdout=subprocess.PIPE)
std = p.communicate()[0]
allstatus = str(std).split('\n')
webbrowser
>>> import webbrowser
>>> webbrowser.open('http://www.py4bio.com')
True
>>> b = webbrowser.get('opera')
>>> url = 'http://www.py4bio.com'
>>> b.open(url)
True
Mas ayuda...
Manual de Python: http://pyspanishdoc.sourceforge.net/tut/tut.html
Mailing list: http://python.org.ar/pyar/ListaDeCorreo
List para incio: http://groups.google.com/group/a-python
Mas recursos: http://python.org.ar/pyar/AprendiendoPython