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龙星课程—肿瘤生物信息学上机课程
曹莎
Email:[email protected]
课程安排
• 各类数据类型的介绍，简单的R入门;
• 差异性表达的检验, 假阳性检验(FDR), 批次效应
(batch effect)；
• 基因表达数据和蛋白表达数据的相关性；
• 基因突变数据以及表达通路的富集分析
• 基因表达数据的相关性以及双聚类分析
• 各类数据的整合 基因表达数据和metabolic
profiling的数据；基因表达数据和表观遗传数
据的整合
基因突变数据以及表达通路的富集
分析
• 基因突变数据类型
基因突变数据以及表达通路的富集
分析
富集分析
• 首先，我们有很多感兴趣的基因，如 显著
上调的基因
• 是否存在一个GO term/pathway/gene set，
它包含异常多的我们感兴趣的基因？
• 如果是，我们会得到关于我们感兴趣的基
因的一些生物特性
和cancer发展相关的突变-Idea
Stage 1
Mutations not
correlated to
cancer
progrresion
Stage 2
mutations
Stage 1
Stage 2
mutations
Mutations
positively
correlated to
cancer
progression
Pathway富集分析
Contingency table
Total
In GO
Mutated genes
9
Non mutated genes 44
Totals
53
Not in GO
43
52
4
48
47
100
Test the significance of gene set
enrichment
• Hypergeometric test
• Fisher exact test
A good lecture of enrichment analysis
• http://marray.economia.unimi.it/2007/materi
al/day4/Lecture7.pdf