Download UTP Cable Connectors

Introduction to Bioinformatics
Örnekler
Doç. Dr. Nizamettin AYDIN
[email protected]
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
1
Örnek 1
•
•
Aşağıda verilen DNA yı RNA ya kopyalayın
(transcription). Bulduğunuz genetik kodu
kullanarak DNA yı amino asit dizisine
(sequence of amino acids) dönüştürünüz
(translation)
TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCT
TCGGTGT
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
2
Çözüm 1...
•
DNA yı kopyalamak için önce G yerine C, C yerine G,
T yerine A ve A yerine T yazarak DNA nın bir kopyasını
çıkarın.
•
TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCTTCGGTGT
•
AGTATTATGCAAAACATAAGCGGTCGCGAAGCCACA
•
RNA için Thymine (T) baselerini e a Uracil (U) le
değiştirin:
•
AGUAUUAUGCAAAACAUAAGCGGUCGCGAAGCCACA
•
Genetic kodu bulmak için RNA dizisini üçlü gruplara
ayırın:
•
AGU AUU AUG CAA AAC AUA AGC GGU CGC GAA GCC ACA
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
3
Çözüm 1...
• Genetic code tablosundan üçlü gruplara (codon)
karşı gelen amino asitleri yazın. Örneğin AGU
Serine (ser veya S), AUU Isoleucine (Ile veya I)
olur:
• SIMQNISGREAT
------------------------------------------------------• Ödev: Yukarıdaki işlemleri yapan bir Perl
programı yazınız
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
4
Genetic Code
A=Ala=Alanine
C=Cys=Cysteine
D=Asp=Aspartic acid
E=Glu=Glutamic acid
F=Phe=Phenylalanine
G=Gly=Glycine
H=His=Histidine
I=Ile=Isoleucine
K=Lys=Lysine
L=Leu=Leucine
M=Met=Methionine
N=Asn=Asparagine
P=Pro=Proline
Q=Gln=Glutamine
R=Arg=Arginine
S=Ser=Serine
T=Thr=Threonine
V=Val=Valine
W=Trp=Tryptophan
Y=Tyr=Tyrosine
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
5
Alıştırma 1
• Yukarıdaki örnekte verilen DNA dizisinin
başından bir harf silin ve aynı işlemi tekrarlayın.
Sonuç ne olur, yorumlayın.
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
6
Örnek 2
•
•
•
Aşağıda verilen iki dizide Hamming uzaklığı
(Hamming distance) nedir
BIOINFORMATICS_IS_THE
BEST_FOR_STRUCTURE_PREDICTION
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
7
Çözüm 2
• Hamming uzaklığını hesaplamak için hizali
dizilerdeki karşılıklı aynı olmayan elemanları
sayıyoruz:
BIOINFORMATICS_IS_THE
BEST_FOR_STRUCTURE_PREDICTION
16
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
8
Örnek 3
•
•
•
Aşağıdaki iki dizi için, BLOSUM62
substitution matrix ini kullanarak en iyi
hizalanışı (best alignment) bulun.
FYGNYK
DGSFNW
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
9
BLOSUM62 Substitution Matrix
• Zero: by chance
– + more than
chance
– - less than chance
• Arranged by
– Sidegroups
– So, high scoring
– in the end boxes
• Example
– M,I,L,V
– Interchangeable
“INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN”
10