Survey
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
Introduction to Bioinformatics Örnekler Doç. Dr. Nizamettin AYDIN [email protected] “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 1 Örnek 1 • • Aşağıda verilen DNA yı RNA ya kopyalayın (transcription). Bulduğunuz genetik kodu kullanarak DNA yı amino asit dizisine (sequence of amino acids) dönüştürünüz (translation) TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCT TCGGTGT “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 2 Çözüm 1... • DNA yı kopyalamak için önce G yerine C, C yerine G, T yerine A ve A yerine T yazarak DNA nın bir kopyasını çıkarın. • TCATAATACGTTTTGTATTCGCCAGCGCTTCGGTGT • AGTATTATGCAAAACATAAGCGGTCGCGAAGCCACA • RNA için Thymine (T) baselerini e a Uracil (U) le değiştirin: • AGUAUUAUGCAAAACAUAAGCGGUCGCGAAGCCACA • Genetic kodu bulmak için RNA dizisini üçlü gruplara ayırın: • AGU AUU AUG CAA AAC AUA AGC GGU CGC GAA GCC ACA “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 3 Çözüm 1... • Genetic code tablosundan üçlü gruplara (codon) karşı gelen amino asitleri yazın. Örneğin AGU Serine (ser veya S), AUU Isoleucine (Ile veya I) olur: • SIMQNISGREAT ------------------------------------------------------• Ödev: Yukarıdaki işlemleri yapan bir Perl programı yazınız “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 4 Genetic Code A=Ala=Alanine C=Cys=Cysteine D=Asp=Aspartic acid E=Glu=Glutamic acid F=Phe=Phenylalanine G=Gly=Glycine H=His=Histidine I=Ile=Isoleucine K=Lys=Lysine L=Leu=Leucine M=Met=Methionine N=Asn=Asparagine P=Pro=Proline Q=Gln=Glutamine R=Arg=Arginine S=Ser=Serine T=Thr=Threonine V=Val=Valine W=Trp=Tryptophan Y=Tyr=Tyrosine “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 5 Alıştırma 1 • Yukarıdaki örnekte verilen DNA dizisinin başından bir harf silin ve aynı işlemi tekrarlayın. Sonuç ne olur, yorumlayın. “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 6 Örnek 2 • • • Aşağıda verilen iki dizide Hamming uzaklığı (Hamming distance) nedir BIOINFORMATICS_IS_THE BEST_FOR_STRUCTURE_PREDICTION “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 7 Çözüm 2 • Hamming uzaklığını hesaplamak için hizali dizilerdeki karşılıklı aynı olmayan elemanları sayıyoruz: BIOINFORMATICS_IS_THE BEST_FOR_STRUCTURE_PREDICTION 16 “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 8 Örnek 3 • • • Aşağıdaki iki dizi için, BLOSUM62 substitution matrix ini kullanarak en iyi hizalanışı (best alignment) bulun. FYGNYK DGSFNW “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 9 BLOSUM62 Substitution Matrix • Zero: by chance – + more than chance – - less than chance • Arranged by – Sidegroups – So, high scoring – in the end boxes • Example – M,I,L,V – Interchangeable “INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS” “SPRING 2005” “Dr. N AYDIN” 10