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①
(①)
①②③④⑤⑥
①②③④⑤⑥
①②③④⑤⑥
Glucose
G6P
CO2
①②③④⑤
(①②③④⑤⑥)
(①②③④⑤)
①②③④⑤⑥
(①②③④⑤⑥)
①
Ile
①②③
GLY
①②③④⑤⑥⑦
C1
①
(①②③)
(①②)
(③)
①②③
①②③
SER
3PG
CYS
(①②③)
(①②③①②④)
(①②③①②③)
①②③④
2-ketobutyrate
CO2
(④③②⑤)
①
①②
(①)
2-hydroxyethyl-ThPP
(②③)
①
(①)
ALA
①②③④⑤
①②
①②③
①
formate
(②)
①
(①①)
(①)
CO
AcCoA
CO2
SER
①②③
①②
①
(①②①)
AcCoA
3-hydroxypropionate
CO2
①②③④⑤
methysuccinyl-CoA
CO2
(①②)
(④)
(③④)
Acetoacetyl-CoA
(①②③④)
propionyl-CoA
①
(①②⑤)
①②
①②③④⑤⑥
OAA
CIT
(①②②③④①)
(①②③④⑤⑥)
4-hydroxybutyrate
(①②)
①②
①②③④
MAL (①②②①) GLOX
(①②③④)
(④③②①)
GLOX (④③)
①②③④⑤⑥
ICIT
①②③④
(⑥)
(⑥③④⑤ (①②③④⑤)
CO2 ①
⑤④③⑥)
①②③④⑤
(①②③④)
(④③②①)
①②③④
SUC
(②③④⑤)
(⑤④③②)
①②③④
SUC-CoA
(①②③①)
AKG
(④③②①)
CO2
①
AcCoA
①②③④
FUM
①②③④
(①②③④)
(①①②①②)
(②③)
(①②③)
malyl-CoA
①②③
(④③②②①①)
①
①②③④
(①②③)
(① and ④)
CO2
(①②)
①②③
(③②①)
malonyl-CoA
(①②③)
(①)
(①②③①)
(①②②①③)
PYR
CO2
PYR
Citramalate
CO2
①
①②③
CO2
PHE
TYR
PEP
(③) C1
(①②①②③④)
(①②③)
GLY
①
(①②)
①②③④
①②③
①
①②
3PG
(①②③)
E4P
①②③④⑤⑥
①②③
(①②③)
①②③
(④⑤⑥⑦)
F6P
(①②)
①②③
GAP
(④③)
GLX
(③④⑤)
(③④⑤)
S7P
(④⑤⑥)
①②
(③④⑤)
①②③④⑤
(①②①②③④⑤)
GAP
(②)
X5P
①②③④⑤
①②
CO2
2-keto-3-methyl-valerate
R5P
(③②①
④⑤⑥)
(①)
①②③④⑤⑥
F6P
(①②)
CO2
(①②①
③④⑤)
(①②③④⑤)
Glct
①
(①②③④⑤)
(②③④⑤⑥)
①②
(②①)
RuBP
Ru5P
6PG
(①②③④⑤⑥)
①②③④⑤
(①)
CO2 ①
(①②③④ or ④③②①)
Glycolysis
Glucose (abcdef)  G6P (abcdef)
G6P (abcdef)  F6P (abcdef)
F6P (abcdef)  FBP (abcdef)
FBP (abcdef)  DHAP (cba) + GAP (def)
DHAP (abc)  GAP (abc)
GAP (abc)  3PG (abc)
3PG (abc)  PEP (abc)
PEP (abc)  PYR (abc)
TCA Cycle
PYR (abc)  AcCoA (bc) + CO2 (a)
OAA (abcd) + AcCoA (ef)  CIT (dcbfea)
OAA (abcd) + AcCoA (ef)  CIT (efbcda) Citrate (Re)-synthase
CIT(abcdef)  ICIT (abcdef)
ICIT (abcdef)  AKG (abcde) + CO2 (f)
AKG (abcde)  SucCoA (½ bcde + ½ edcb) + CO2 (a)
SucCoA (abcd)  SUC (½ abcd + ½ dcba)
SUC (½ abcd + ½ dcba)  FUM (½ abcd + ½ dcba)
FUM (½ abcd + ½ dcba)  MAL (abcd)
MAL (abcd)  OAA (abcd)
EMCP Pathway
AcCoA (ab) + AccoA (cd) + CO2 (e)  methylsuccinyl-CoA (acdeb)
methylsuccinyl-CoA (abcde)  propionyl-CoA (abe) +GLOX (dc)
propionyl-CoA (abc) + CO2 (d)  SucCoA (abcd)
3-hydroxypropionate/4-hydroxybutyrate pathway
AcCoA (ab) + CO2 (c) malonyl-CoA (abc)
malony-CoA (abc)  3-hydroxypropionate (cba)
3-hydroxypropionate (abc)  propionyl-CoA (abc)
propionyl-CoA (abc) + CO2 (d)  SucCoA (abcd)
SucCoA (abcd) + malate (efgh)  SUC (abcd) + malyl-CoA (efgh)
malyl-CoA (abcd)  GLOX (dc) + AcCoA (ab)
SucCoA (abcd)  4-hydroxybutyrate (dcba)
4-hydroxybutyrate (abcd)  AcCoA (ab + cd)
Entner-Doudoroff Pathway
6PG (abcdef)  PYR (abc) + GAP (def)
Glyoxylate Shunt
ICIT (abcdef)  GLOX (ab) + SUC (½ edcf + ½ fcde)
GLOX (ab) + AcCoA (cd)  MAL (abdc)
Anaplerotic Reactions
MAL (abcd)  PYR (abc) + CO2 (d)
MAL (abcd)  PYR (abc) + CO2 (d)
PEP (abc) + CO2 (d)  OAA (abcd)
OAA (abcd)  PEP (abc) + CO2 (d)
Wood-Ljungdahl pathway
AcCoA (ab) CO (a) + formate (b)
formate (a) CO2 (a)
Oxidative Pentose Phosphate Pathway
G6P (abcdef)  6PG (abcdef)
6PG (abcdef)  Ru5P (bcdef) + CO2 (a)
Ru5P (abcde)  X5P (abcde)
Ru5P (abcde)  R5P (abcde)
X5P (abcde) + R5P (fghij)  S7P (abfghij) + GAP (cde)
S7P (abcdefg) + GAP (hij)  F6P (abchij) + E4P (defg)
X5P (abcde) + E4P (fghi)  F6P (abfghi) + GAP (cde)
Calvin Cycle
Ru5P (abcde)  RuBP (abcde)
RuBP (abcde) + CO2 (f)  3PG (fba + cde)
X5P (abcde)  Ru5P (abcde)
R5P (abcde)  Ru5P (abcde)
GAP (abc) + S7P (defghjk)  X5P (deabc) + R5P (fghjk)
E4P (abcd) + F6P (efghjk)  GAP (hjk) + S7P (efgabcd)
GAP (abc) + F6P (defghi)  X5P (deabc) + E4P (fghi)
E4P (abcd) + DHAP (efg)  SBP (gfeabcd)
SBP (abcdefg)  S7P(abcdefg)
C1 metabolism
Ser (abc)  GLY (ab) + C1 (c )
GLY (ab)  C1 (b) + CO2 (a)
Amino Acid Biosynthesis
AKG (abcde)  Glu (abcde)
Glu (abcde)  Gln (abcde)
Glu (abcde)  Pro (abcde)
Glu (abcde) + CO2 (f)  Arg (abcdef)
OAA (abcd)  Asp (abcd)
Asp (abcd)  Asn (abcd)
PYR (abc)  Ala (abc)
3PG (abc)  Ser (abc)
Thr (abcd)  Gly (ab) + AcCoA (cd) + NADH
Ser (abc)  Cys (abc)
Asp (abcd) + PYR (efg)  LYS (1/2 bcdgfe + 1/2 fgdcba)
Asp (abcd)  Thr (abcd)
Asp (abcd) + C1 (e)  Met (abcde)
Pyr (abc) + Pyr (def)  Val (abcef) + CO2 (d)
AcCoA (ab) + Pyr (cde) + Pyr (fgh)  Leu (abdghe) + CO2 (c + f)
Thr (abcd) + Pyr (efg)  Ile (abfcdg) + CO2 (e)
PEP (abc) + PEP (def) + E4P (ghij)  Phe (abcefghij) + CO2 (d)
PEP (abc) + PEP (def) + E4P (ghij)  Tyr (abcefghij) + CO2 (d)
Ser (abc) + R5P (defgh) + PEP (ijk) + E4P (lmno)  Trp (abcedklmnoj) + CO2 (i) + GAP (fgh)
R5P (abcde) + C1 (f)  His (edcbaf)
Citramalte pathway
AcCoA (ab) + PYR (cde)  Citramalate (cdbae)
Citramalate (abcde) 2-ketobutyrate (dcbe) + CO2 (a)
2-ketobutyrate (abcd) + PYR (efg)  Ile (abcfgd) + CO2 (e)