Download Document

Weryfikacja predykcji mitochondrialnej
lokalizacji białek związanych z
metabolizmem RNA
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
W projekcie analizowane będą następujące białka:
Q9UNV9 Putative RNA helicase
Q9NV06 (Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1
Q6P2J3 (Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein)
Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304
A8K979 cDNA FLJ77472
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9UNV9
gi:74762020
Predykcja mit: 69.9, p=1.4e-171
Putative RNA helicase
wielkość: 595 aa (68 kDa) evidence at transcription level
Helicase_C – helicase conserved
C-terminal domain
Sec63 - This domain (also known as
the Brl domain) is required for
assembly of functional endoplasmic
reticulum translocons (*)
Adnotacje bioinformatyczne:
• Molecular function: ATP binding
• Molecular function: helicase activity
• Molecular function: nucleic acid binding
(*)This domain was named after the yeast Sec63 (or NPL1) protein in which it was found. This protein is
required for preprotein translocation. Other yeast proteins containing this domain include pre-mRNA
splicing helicase BRR2, HFM1 protein and putative helicases.
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9UNV9
homolog drożdżowej helikazy Slh1p (ygr271w) (1998) (Putative RNA
helicase related to Ski2p, involved in translation inhibition of nonpoly(A) mRNAs; required for repressing propagation of dsRNA
viruses)
Praktycznie identyczne z nieznanym ludzkim A2RRQ7 (możliwa redundancja
lub alternatywny splicing) Zauważalna jest homologia dwóch typów
sekwencji: białko posiada wysoce konserwowane homologi niemal
identycznej wielkości szeroko rozpowszechnione (Mus, Danio, Arabidopsis,
Oryza, grzyby) o nieznanej funkcji. Drugim typem są długie sekwencje
wysoce
konserwowane
jądrowych
rybonukleoprotein
(snRNP)
zaangażowanych w splicing mRNA (jak ludzki U5 snRNP), w których białko
pokrywa swoją sekwencją dwa charakterystyczne rejony C-końcowe.
Prawdopodobnie Q9UNV9 i jego homologi nie są związane funkcjonalnie z
tymi RNP. Homologia do drożdżowej Slh1p jest właśnie tego typu
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9UNV9
Activating signal cointegrator 1
(U5 small nuclear
ribonucleoprotein helicase)
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9UNV9
Badane białko
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9NV06
gi:160358731
Predykcja mit: 69.9, p=9.1e-57
WD repeat and SOF domain-containing protein 1
Wielkość: 445 aa (51 kDa) evidence at protein level
Gen: WDSOF1 (chr. 8)
Zawiera 7 powtórzeń motywu WD
Function: Possible role in ribosomal RNA processing (By similarity).
Subcellular localization: Nucleus, nucleolus (By similarity).
Bardzo silnie konserwowane pośród wszystkich eukariontów, prawdopodobnie
jest to białko procesujące rybosomalne RNA, rodzaj snRNPs, brak jednak
eksperymentalnych dowodów lokalizacji
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9NV06
WD-40 repeats (also known as WD or beta-transducin repeats) are short ~40
amino acid motifs, often terminating in a Trp-Asp (W-D) dipeptide. WD-containing
proteins have 4 to 16 repeating units, all of which are thought to form a
circularised beta-propeller structure. WD-repeat proteins are a large family found
in all eukaryotes and are implicated in a variety of functions ranging from signal
transduction and transcription regulation to cell cycle control and apoptosis. The
underlying common function of all WD-repeat proteins is coordinating multiprotein complex assemblies, where the repeating units serve as a rigid scaffold for
protein interactions. The specificity of the proteins is determined by the sequences
outside the repeats themselves. Examples of such complexes are G proteins (beta
subunit is a beta-propeller), TAFII transcription factor, and E3 ubiquitin ligase
Alternative splicing
dwie formy splicingowe o wspólnym N-końcu
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q9NV06
izoformy
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q6P2J3
gi:74758244
Predykcja mit: 39.1, p=4.9e-58
Hypothetical protein (PDCD11 protein)
Wielkość: 1434 aa (158 kDa) evidence at transcription level
Gen: PDCD11 (chr. 10)
Adnotacje bioinformatyczne:
• Molecular function: RNA binding
Dość wyraźnie konserwowane u Eukarya, prawdopodobnie niepełna
sekwencja C-końcowa, choć nie powinno przeszkodzić to w analizie
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
The S1 domain of around 70 amino acids, originally identified in
ribosomal protein S1, is found in a large number of RNAassociated proteins. It has been shown that S1 proteins bind RNA
through their S1 domains with some degree of sequence
specificity.
The solution structure of one S1 RNA-binding domain from
Escherichia coli polynucleotide phosphorylase has been
determined. It displays some similarity with the cold shock domain
(CSD). Both the S1 and the CSD domain consist of an antiparallel β
barrel of the same topology with 5 β strands. This fold is also shared
by many other proteins of unrelated function and is known as the
OB fold.
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q6P2J3
Arabidopsis thaliana:
pre-rRNA processing protein
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q6ZSJ2 oraz A8K979 są dwoma różnymi izoformami,
produktami alternatywnego splicingu tego samego genu
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q6ZSJ2
A8K979
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Q6ZSJ2
gi:74758810
Predykcja mit: 79.3, p=1.4e-26
CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304
Wielkość: 279 aa (31 kDa) evidence at transcription level
Gen: EXOD1 (chr. 16)
Adnotacje bioinformatyczne:
• Cellular component: intracellular
• Molecular function: nucleic acid binding
• Molecular function: exonuclease activity
Domeny Pfam: Exonuc_X-T
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
A8K979
Predykcja mit: nie określono
cDNA FLJ77472
Wielkość: 598 aa (67kDa) evidence at transcript level
Gen: EXOD1 (chr. 16)
Adnotacje bioinformatyczne:
•Molecular function: nucleic acid binding
•Molecular function: zinc ion binding
Domeny Pfam: Exonuc_X-T, SHR3 chaperone (frag.), zf-GRF
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Exonuc_X-T - This entry includes a variety of exonuclease proteins, such as ribonuclease T
and the epsilon subunit of DNA polymerase III. Ribonuclease T is responsible for the endturnover of tRNA,and removes the terminal AMP residue from uncharged tRNA. DNA
polymerase III is a complex, multichain enzyme responsible for most of the replicative
synthesis in bacteria, and also exhibits 3' to 5' exonuclease activity
SHR3 chaperone - ER membrane protein SH3, This family of proteins are
membrane localised chaperones that are required for correct plasma
membrane localisation of amino acid permeases (AAPs) [1]. SH3 prevents AAPs
proteins from aggregating and assists in their correct folding. In the absence of
SH3, AAPs are retained in the ER (przynależność do rodziny nie jest istotna
statystycznie – słaba homologia lub brak)
Zf-GRF – GRF zinc finger, This presumed zinc-binding domain is found in a variety of
DNA-binding proteins. It seems likely that this domain is involved in nucleic acid
binding. It is named GRF after three conserved residues in the centre of the
alignment of the domain
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Predykcja lokalizacji – inne narzędzia
Q9UNV9
Predotar: mit 0.52
Psort II: mit 56.5%
Q9NV06
Predotar: mit 0.05
Psort II: 21.7%
Q6P2J3
Predotar: mit 0.00
Psort II: mit 21.7%
Q6ZSJ2
Predotar: mit 0.77
Psort II: mit 52.2%
A8K979
Predotar: mit 0.00
Psort II: mit 17.4%
Weryfikacja predykcji mitochondrialnej lokalizacji białek
związanych z metabolizmem RNA
Grupy
Q9UNV9 Putative RNA helicase
HEL
Q9NV06 (Q8NCH8) WD repeat and SOF domain-containing protein 1
WDR
Q6P2J3 (Q5W093) Hypothetical protein (PDCD11 protein)
S1R
Q6ZSJ2 (Q96FR9) CDNA FLJ45480 fis, clone BRTHA2001304
EXD
A8K979 cDNA FLJ77472
EZF