Download Detaylı Özgeçmiş - gıda mühendisliği

Doç. Dr. EFE SEZGİN
İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü  Mühendislik Fakültesi  Gıda Mühendisliği Bölümü
Oda: 217  Gülbahce köyü  Urla, Izmir - Türkiye 35430  [email protected]
[email protected]  Telefon: (90) 232 750 6214  Fax: (90) 232 750 6196
Eğitim
Tıbbi Moleküler Genetik
Uzmanlığı
07.2010 – 06.2012
ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü, İnsan Genom Araştırmaları
Enstitüsü – Bethesda, Maryland, ABD
Doktora
09.1998 – 12.2005
Stony Brook Üniversitesi – Stony Brook, New York, ABD
Ekoloji ve Evrim Bölümü, Popülasyon ve İstatistiksel Genetik
Lisans
09.1994 – 06.1998
Orta Doğu Teknik Üniversitesi – Ankara, Türkiye
Biyoloji (Anadal)
Kimya (Yandal)
İşTecrübesi
05.2015 -
Öğretim Üyesi – Yardımcı Doçent – İzmir Yüksek Teknoloji
Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Bölümü
Beslenme Genetiği/Genomiği, kanser, kalp ve dolaşım yolu
hastalıkları, maküler dejenerasyon, katarak, yaşlanma gibi
kompleks fenotiplerin araştırılması.
10.2011-05.2015
Araştırma ve Öğretim Görevlisi – Johns Hopkins
Üniversitesi, Halk Sağlığı Bölümü, Epidemiyoloji Anabilim
Dalı
Epidemiyoloji, genetik epidemiyoloji ve istatistiksel yöntemler ile
HİV, HBV, HCV, EBV, HPV, Cytomegalovirus sebepli
hastalıklara karşı direnç, virütik kanserler, kalp ve dolaşım yolu
hastalıkları, maküler dejenerasyon, katarak, hızlı yaşlanmanın
araştırılması.
03.2006-09.2011
Doktora Sonrası Araştırmacı – ABD Ulusal Kanser
Enstitusu, Genom Çeşitliliği Araştırma Laboratuvarı
Bulaşıcı hastalıklara ve kanser oluşumuna karşı direncin
genetik sebeplerinin araştırılması.
İnsan genomik çeşitliliğinin istatistiksel genetik/genomik
yöntemler ile araştırılması.
Genetik haritalama tekniklerinin geliştirilmesi.
09.1998-12.2005
Araştırma Asistanı
Stony Brook Üniversitesi, Stony Brook, New York, ABD
Drosophila biyolojisi ve genetiği laboratuvarı. Popülasyon-,
kantitatif- ve istatiksel genetik uygulamalar. Enzim biyokimyası,
metabolik sistem araştırmaları.
Sezgin 1
Eğitim Faaliyetleri
Verilen Yüksek Lisans Dersleri
03.2014 – 06.2014
İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi,
Maryland, ABD
03.2013 – 06.2013
İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi,
Maryland, ABD
03.2012 – 06.2012
İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi,
Maryland, ABD
01.2009 – 06.2009
Genom Analizi ve Haritalama Metodları (BMS540) – Hood
Üniversitesi, Frederick, Maryland, ABD
Verilen Lisans Dersleri
2005 Güz
Öğretmen Asistan, Biyoloji Laboratuvarı, Stony Brook Üniversitesi
2002 Bahar
Öğretmen Asistan, Uygulamalı Popülasyon Ekolojisi ve Koruma
Biyolojisi, Stony Brook Üniversitesi
1998-1999
Öğretmen Asistan, Biyoloji Laboratuvarı, Stony Brook Üniversitesi
Ödüller ve Burslar
2010
Seyahat Bursu (ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü)
2006 – 2011 Doktora Sonrası Arastirmacı Bursu (ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü)
2003
Biyolojik Karmaşıklığın Matematiksel Modellenmesi Çalıştayına Katılım Bursu
(Tennessee Üniversitesi, Knoxville, ABD)
2002
İstatiksel Genetik Yaz Okulu katılım Bursu (North Carolina Üniversitesi, North
Carolina, ABD)
1994 – 1998 TÜBİTAK Bursu
Bilimsel Çalışmalar
Doktora Tezi: Trehaloz ve Glikojen metabolizmalarının etkileşimlerinin Drosophila
melanogaster modelinde incelenmesi
Projeler
1.
“HIV kaynaklı maküler degenerayon: Hızlı yaşlanmanın araştırılması için bir model”,
ABD HIV Araştırma Merkezi, Proje Yöneticisi (2013 Şubat – devam etmekte)
2.
“AIDS hastalarında görülen göz hastalıkları çalışmaları” (Proje yöneticileri Prof. Dr.
Curtis L. Meinert ve Prof. Dr. Douglas A. Jabs), Johns Hopkins Üniversitesi Halk Sağlığı
Anabilim Dalı, Epidemiyoloji Bölümü, Genetik Araştırmacı (2011 Ekim – 2013
Temmuz)
3.
“HIV enfeksiyonuna ve AIDS sebepli hastalıklara karşı duyarlılığın genetik sebeplerinin
genom taraması ile Afrika kökenli Amerikalılarda incelenmesi”, ABD Ulusal Kanser
Enstitüsü, Genom Çeşitliliği Araştırma Laboratuvarı, Proje Yöneticisi (2010 Ekim – 2011
Eylül)
Sezgin 2
4.
“Bulaşıcı hastalıklara karşı duyarlılık genetiği” (Proje yöneticileri Dr. Stephen J. O’ Brien
ve Dr. Michael W. Smith), ABD Ulusal Kanser Enstitüsü, Genom Çeşitliliği Araştırma
Laboratuvarı, Genetik Araştırmacı (2006 Şubat – 2011 Eylül)
5.
”Drosophila modelinde moleküler genetik çeşitlilik ve adaptasyon” (Proje yöneticisi Prof.
Dr. Walter F. Eanes), Stony Brook Üniversitesi, Araştırma Asistanı (1999 Haziran –
2005 Aralık)
Hakemlik Yapılan Dergiler
AIDS, Dove Medical Press, Genetics, Human Genetics, JAIDS, JID, Journal of Heredity,
Lancet, MEEGID, Molecular Vision, NEJM, Ophthalmology, PLoSGenetics, PLoSOne,
PloSPathogens, Tumor Biology
AIDS, Dove Medical Press, Genetics, Human Genetics, JAIDS, JID, Journal of Heredity, Lancet,
MEEGID (Infection, Genetics, and Evolution), Molecular Vision, NEJM, Ophthalmology,
PLoSGenetics, PLoSOne, PLoSPathogens, Versita Publishing Group (Central European Journal of
Biology)
Editörlük Görevi Yapılan Dergiler
Versita Publishing Group (Central European Journal of Biology)
International Journal of AIDS & Its Research (IJAR)
Journal of AIDS & Clinical Research
Bilimsel Kuruluş Üyelikleri
Amerikan İnsan Genetiği Topluluğu
Amerikan Genetik Topluluğu
New York Bilimler Akademisi
Katılınan Çalıştaylar/Kurslar
2014
2013
2013
2009
2007
2006-2007
2006
2006
2006
2003
2003
Analysis of Data Generated by Next Generation Sequencing(full semester
course), Bethesda, Maryland, USA
Bioinformatics for biologists (full semester course), Maryland, USA
4th International Workshop on HIV & Aging, 30 – 31 October 2013, Baltimore,
Maryland, USA
Summer institute in Statistical Genetics, University of Washington, Seattle
Cancer Biotechnology, April 5- May 24, NCI-Frederick, Frederick, Maryland,
USA
Introduction to the principles and practice of clinical research, October 16February 20, NIH, Bethesda, Maryland, USA
Current Topics in Genome Analysis, September 5-December 5, National
Human Genome Research Institute, NIH, Bethesda, Maryland, USA
Translational Research in Clinical Oncology, September 11-December 11,
NIH, Bethesda, Maryland, USA
NCBI 11 Mini-Courses series, CIT, NIH, NCI-Frederick, Maryland, USA
Short Course: Introduction to the mathematics of biological complexity, March
30-April 2, University of Tennessee-Knoxville, USA
Short Course: Modeling the evolutionary genetics of complex phenotypes: A
hierarchical approach from sequences to populations, September 7-10,
University of Tennessee-Knoxville, USA
Sezgin 3
2002
2001
Summer Institute in Statistical Genetics: Introduction to Genomics,
Bioinformatics, MCMC for genetics, May 29-June 14, North Carolina State
University, USA
Drosophila Species Workshop, October 26-28, University of Arizona, USA
Hakemli Dergilerde Yayınlanmış Çalışmalar
1. Sezgin, E, Duvernell, DD, Matzkin LM, Duan, Y, Zhu CT, Verrelli BC, and Eanes WF
(2004). Single-locus latitudinal clines and their relationship to temperate adaptation in
metabolic genes and derived alleles in Drosophila melanogaster. Genetics 168: 923-931.
2. Merritt TJS, Sezgin E, Zhu CT, and Eanes W.F. (2006). Triglyceride pools, flight, and
activity variation at the Gpdh locus in Drosophila melanogaster. Genetics 172: 293-304.
3. Eanes WF, Merritt TJS, Flowers JM, Kumagai S, Sezgin E, and Zhu CT (2006). Flux
control and excess capacity in the enzymes of glycolysis and their relationship to flight
metabolism in Drosophila melanogaster. Proceedings of the National Academy of SciencesUSA 103: 19413-19418.
4. Flowers JM, Sezgin E, Kumagai S, Duvernell DD, Matzkin LM, Schmidt PS, and Eanes
WF (2007). Adaptive Evolution of Metabolic Pathways in Drosophila. Molecular Biology and
Evolution 24(6):1347-1354
5. Hendrickson SL, Hutcheson HB, Ruiz-Pesini E, Poole JC, Lautenberger J, Sezgin E, et
al. (2008). Mitochondrial DNA Haplogroups influence AIDS Progression. AIDS 22(18):242939.
6. Merritt TJS, Kuczynski C, Sezgin E, Zhu CT, Kumagai S, and Eanes WF (2009).
Quantifying interactions within the NADP(H) enzyme network in Drosophila melanogaster.
Genetics 182: 565-574.
7. Sezgin E, Lind JM, Shresta S, Hendrickson SL, et al. (2009). Association of Y
chromosome haplogroup I with HIV progression and HAART outcome. Human Genetics
125:281-294.
8. Somel M and Sezgin E (2010). Genetic Footprints of Natural Selection and Drift in Human
Evolution. Hacettepe Journal of Biology and Chemistry 38: 193-220.
9. Sezgin E, Jabs DA, Hendrickson S, Van Natta ML, Troyer JL, Smith MW, O’Brien S J
(2010). Effect of host genetics on the development of cytomegalovirus retinitis in patients
with AIDS. Journal of Infectious Diseases 202(4):606-613.
10. Sezgin E, Drosdak A, MacIntosh C, et al. Examination of disease-based selection,
demographic history and population structure in European Y chromosome haplogroup I.
(2010). Journal of Human Genetics 55:613-620.
11. Hendrikson SL, Lautenberger, JA, Chinn LW, Malasky M., Sezgin E et al. (2010).
Genetic variants in nuclear-encoded mitochondrial genes influence AIDS progression.
PLoSONE 5(9):e12862.
Sezgin 4
12. Sezgin E, Hendrickson SL, Jabs DA, Van Natta ML, Troyer JL, Smith MW, O’Brien SJ
(2010). Effects of host genetics on incidence of HİV neuroretinal disorder in patients with
AIDS. Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes 54(4):343-351.
13. Troyer JL, Nelson GW, Chinn LW, Macintosh C, Johnson RC, Sezgin E, et al. (2011)
Genome-wide association study implicates PARD3B-based AIDS restriction. Journal of
Infectious Diseases 203(10):1491-1502.
14. Sezgin E, Van Natta ML, Ahuja A, Lyon A, Srivastava S, Troyer JL, O’Brien SJ, and
Jabs DA(2011). Association of host genetic risk factors with the course of cytomegalovirus
retinitis in patients infected with Human İmmunodeficiency virus. American Journal of
Ophthalmology. Jun;151(6):999-1006.e4
15. An P, Li R, Wang JM, Yoshimura T, Takahashi M, Samudralal R, O’Brien SJ, Phair J,
Goedert JJ, Kirk GD, Troyer JL, Sezgin E, et al. (2011). Role of Exonic Variation in
Chemokine Receptor Genes on AIDS: CCRL2 F167Y Association with Pneumocystis
Pneumonia. PLoS Genetics 7(10): e1002328.
16. Limou S, Delaneau O, Van Manen D, An P, Sezgin E, et al. (2012).Multicohort genomewide association study reveals a new signal of protection against HIV-1 acquisition. Journal
of Infectious Diseases 205(7):1155-62.
17. Minzhong T, Lautenberger JA, Xiaojiang G, Sezgin E, et al. (2012). The Principal
Genetic Determinants for Nasopharyngeal Carcinoma in China Involve HLA Class I Antigen
Recognition Groove. PLoS Genetics 8(11):e1003103.
18. Branch AD, Drye TL, Van Natta ML, Sezgin E, et al. (2013). Evaluation of hepatitis C
virus as a risk factor for HIV-associated neuroretinal disorder. Clinical Infectious Diseases
57(11):1618-25.
19. Stephen J O’Brien, Anton Svitin, Sergey Malov, Nikolay Cherkazov Pavel Dobrynin, Paul
Geerts, Jennifer Troyer, Sher Hendrickson-Lambert, Efe Sezgin, Holli Hutcheson (2014).
Gene Discovery and Data Sharing in Genome Wide Association Analyses: lessons form
AIDS genetic restriction genes. Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 65
(Supplement 2, 15th Annual International Meeting of the Institute of Human Virology):59,
April 2014.
20. Svitin A, Malov S, Cherkasov N, Geerts P, Rotkevich M, Dobrynin P, Shevchenko A,
Guan L, Troyer J, Hendrickson S, Dilks HH, Oleksyk TK,Donfield S, Gomperts E, Jabs DA,
Sezgin E, et al. (2014). GWATCH: a web platform for automated gene association discovery
analysis. Gigascience. 2014 Nov 5;3:18. doi: 10.1186/2047-217X-3-18 ecollection 2014.
21. Kasembeli AN, Duarte R, Ramsay M, Mosiane P, Dickens C, Dix-Peek T, Limou S,
Sezgin E, et al. (2015). APOL1 Risk Variants Are Strongly Associated with HIV-Associated
Nephropathy in Black South Africans. Journal of the American Society of Nephrology: JASN.
Epub: doi: 10.1681/ASN.2014050469
22. Jabs DA, Van Natta ML, Sezgin E, Pak JW, Danis R (2015). Prevalence of IntermediateStage Age-Related Macular Degeneration in Patients With Acquired Immunodeficiency
Syndrome. American journal of ophthalmology. Epub: DOI
http://dx.doi.org/10.1016/j.ajo.2015.01.037
Sezgin 5
Bilimsel Toplantılar ve Sunumlar
Sezgin, E. 2014. Genetic determinants of complex phenotypes. University of Puerto Rico,
Puerto Rico, USA. (Davetli Konuşmacı)
Sezgin, E. 2012. High-throughput Genotyping and Genome-wide Pathway Analysis
Identifies a Significant Role for IL-10 Pathway in Infectious Disease Susceptibility The
Genomics of Common Diseases 2012, Bolger Center, Potomac, MD, USA. (Poster Sunumu)
Sezgin, E. 2011. Genetic/Genomic Variation in Natural Populations as an Architecture of
Complex Phenotypes. İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü (Davetli Konuşmacı)
Sezgin, E. 2011. Examination of disease based selection, demographic history and
population structure in European Y chromosome haplogroup I. Annual Meeting of the
Society of the Study of Evolution (SSE), Norman, Oklahoma, USA. (Konuşma)
Sezgin, E. 2010. Host genetics influence CMV retinitis occurrence in patients with AIDS. HIV
Drug Resistance Program Think Thank meeting, NCI-Frederick, USA. (Konuşma)
Sezgin, E. 2010. Host genetics of HIV-1/AIDS. New York University Department of Medicine
(Davetli Konuşmacı)
Sezgin, E. 2009. Effect of host genetics on the outcome of HIV-1 infection and AIDS related
pathologies. Bilkent Üniversitesi (Davetli Konuşmacı)
Sezgin, E. 2009. Host genetic factors influencing HIV-1 infection and progression to AIDS.
National Cancer Institute fellows retreat, Hersey, Pennsylvania, USA. (Poster Sunumu)
Sezgin E. 2006. Human Y chromosome haplogroups and HIV1/AIDS progression. National
Cancer Institute, Laboratory of Genomic Diversity Retreat, Ocean City, MD, USA.
(Konuşma)
Sezgin, E. 2005. The molecular adaptation of trehalose pathway genes in Drosophila
melanogaster and Drosophila simulans.Orta Doğu Teknik Üniversitesi (Davetli Konuşmacı)
Sezgin, E and W.F. Eanes. 2004. Population genetics of trehalose pathway genes in
Drosophila melanogaster. 45th Annual Drosophila Research conference, Washington, DC,
USA. (Poster Sunumu)
Sezgin, E and W.F. Eanes. 2002. Adaptive amino acid evolution at the G-6-pase locus in D.
simulans lineage. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE), UrbanaChampaign, Illinois, USA. (Poster Sunumu)
Sezgin, E. and W. F. Eanes. 2001. Sequence variation of metabolic pathway genes in
Drosophila melanogaster. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE),
Knoxville, Tennessee, USA. (Konuşma)
Sezgin, E. and W. F. Eanes. 2000. Molecular evolution of a metabolic pathway gene
(PGLYM) and its pseudogene in Drosophila melanogaster. Annual Meeting of the Society of
the Study of Evolution (SSE), Bloomington, Indiana, USA. (Konuşma)
Sezgin 6