Survey
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
* Your assessment is very important for improving the workof artificial intelligence, which forms the content of this project
Doç. Dr. EFE SEZGİN İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü Mühendislik Fakültesi Gıda Mühendisliği Bölümü Oda: 217 Gülbahce köyü Urla, Izmir - Türkiye 35430 [email protected] [email protected] Telefon: (90) 232 750 6214 Fax: (90) 232 750 6196 Eğitim Tıbbi Moleküler Genetik Uzmanlığı 07.2010 – 06.2012 ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü, İnsan Genom Araştırmaları Enstitüsü – Bethesda, Maryland, ABD Doktora 09.1998 – 12.2005 Stony Brook Üniversitesi – Stony Brook, New York, ABD Ekoloji ve Evrim Bölümü, Popülasyon ve İstatistiksel Genetik Lisans 09.1994 – 06.1998 Orta Doğu Teknik Üniversitesi – Ankara, Türkiye Biyoloji (Anadal) Kimya (Yandal) İşTecrübesi 05.2015 - Öğretim Üyesi – Yardımcı Doçent – İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü, Gıda Mühendisliği Bölümü Beslenme Genetiği/Genomiği, kanser, kalp ve dolaşım yolu hastalıkları, maküler dejenerasyon, katarak, yaşlanma gibi kompleks fenotiplerin araştırılması. 10.2011-05.2015 Araştırma ve Öğretim Görevlisi – Johns Hopkins Üniversitesi, Halk Sağlığı Bölümü, Epidemiyoloji Anabilim Dalı Epidemiyoloji, genetik epidemiyoloji ve istatistiksel yöntemler ile HİV, HBV, HCV, EBV, HPV, Cytomegalovirus sebepli hastalıklara karşı direnç, virütik kanserler, kalp ve dolaşım yolu hastalıkları, maküler dejenerasyon, katarak, hızlı yaşlanmanın araştırılması. 03.2006-09.2011 Doktora Sonrası Araştırmacı – ABD Ulusal Kanser Enstitusu, Genom Çeşitliliği Araştırma Laboratuvarı Bulaşıcı hastalıklara ve kanser oluşumuna karşı direncin genetik sebeplerinin araştırılması. İnsan genomik çeşitliliğinin istatistiksel genetik/genomik yöntemler ile araştırılması. Genetik haritalama tekniklerinin geliştirilmesi. 09.1998-12.2005 Araştırma Asistanı Stony Brook Üniversitesi, Stony Brook, New York, ABD Drosophila biyolojisi ve genetiği laboratuvarı. Popülasyon-, kantitatif- ve istatiksel genetik uygulamalar. Enzim biyokimyası, metabolik sistem araştırmaları. Sezgin 1 Eğitim Faaliyetleri Verilen Yüksek Lisans Dersleri 03.2014 – 06.2014 İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi, Maryland, ABD 03.2013 – 06.2013 İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi, Maryland, ABD 03.2012 – 06.2012 İstatiksel Yöntemler (BİO624) – Johns Hopkins Üniversitesi, Maryland, ABD 01.2009 – 06.2009 Genom Analizi ve Haritalama Metodları (BMS540) – Hood Üniversitesi, Frederick, Maryland, ABD Verilen Lisans Dersleri 2005 Güz Öğretmen Asistan, Biyoloji Laboratuvarı, Stony Brook Üniversitesi 2002 Bahar Öğretmen Asistan, Uygulamalı Popülasyon Ekolojisi ve Koruma Biyolojisi, Stony Brook Üniversitesi 1998-1999 Öğretmen Asistan, Biyoloji Laboratuvarı, Stony Brook Üniversitesi Ödüller ve Burslar 2010 Seyahat Bursu (ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü) 2006 – 2011 Doktora Sonrası Arastirmacı Bursu (ABD Ulusal Sağlık Enstitüsü) 2003 Biyolojik Karmaşıklığın Matematiksel Modellenmesi Çalıştayına Katılım Bursu (Tennessee Üniversitesi, Knoxville, ABD) 2002 İstatiksel Genetik Yaz Okulu katılım Bursu (North Carolina Üniversitesi, North Carolina, ABD) 1994 – 1998 TÜBİTAK Bursu Bilimsel Çalışmalar Doktora Tezi: Trehaloz ve Glikojen metabolizmalarının etkileşimlerinin Drosophila melanogaster modelinde incelenmesi Projeler 1. “HIV kaynaklı maküler degenerayon: Hızlı yaşlanmanın araştırılması için bir model”, ABD HIV Araştırma Merkezi, Proje Yöneticisi (2013 Şubat – devam etmekte) 2. “AIDS hastalarında görülen göz hastalıkları çalışmaları” (Proje yöneticileri Prof. Dr. Curtis L. Meinert ve Prof. Dr. Douglas A. Jabs), Johns Hopkins Üniversitesi Halk Sağlığı Anabilim Dalı, Epidemiyoloji Bölümü, Genetik Araştırmacı (2011 Ekim – 2013 Temmuz) 3. “HIV enfeksiyonuna ve AIDS sebepli hastalıklara karşı duyarlılığın genetik sebeplerinin genom taraması ile Afrika kökenli Amerikalılarda incelenmesi”, ABD Ulusal Kanser Enstitüsü, Genom Çeşitliliği Araştırma Laboratuvarı, Proje Yöneticisi (2010 Ekim – 2011 Eylül) Sezgin 2 4. “Bulaşıcı hastalıklara karşı duyarlılık genetiği” (Proje yöneticileri Dr. Stephen J. O’ Brien ve Dr. Michael W. Smith), ABD Ulusal Kanser Enstitüsü, Genom Çeşitliliği Araştırma Laboratuvarı, Genetik Araştırmacı (2006 Şubat – 2011 Eylül) 5. ”Drosophila modelinde moleküler genetik çeşitlilik ve adaptasyon” (Proje yöneticisi Prof. Dr. Walter F. Eanes), Stony Brook Üniversitesi, Araştırma Asistanı (1999 Haziran – 2005 Aralık) Hakemlik Yapılan Dergiler AIDS, Dove Medical Press, Genetics, Human Genetics, JAIDS, JID, Journal of Heredity, Lancet, MEEGID, Molecular Vision, NEJM, Ophthalmology, PLoSGenetics, PLoSOne, PloSPathogens, Tumor Biology AIDS, Dove Medical Press, Genetics, Human Genetics, JAIDS, JID, Journal of Heredity, Lancet, MEEGID (Infection, Genetics, and Evolution), Molecular Vision, NEJM, Ophthalmology, PLoSGenetics, PLoSOne, PLoSPathogens, Versita Publishing Group (Central European Journal of Biology) Editörlük Görevi Yapılan Dergiler Versita Publishing Group (Central European Journal of Biology) International Journal of AIDS & Its Research (IJAR) Journal of AIDS & Clinical Research Bilimsel Kuruluş Üyelikleri Amerikan İnsan Genetiği Topluluğu Amerikan Genetik Topluluğu New York Bilimler Akademisi Katılınan Çalıştaylar/Kurslar 2014 2013 2013 2009 2007 2006-2007 2006 2006 2006 2003 2003 Analysis of Data Generated by Next Generation Sequencing(full semester course), Bethesda, Maryland, USA Bioinformatics for biologists (full semester course), Maryland, USA 4th International Workshop on HIV & Aging, 30 – 31 October 2013, Baltimore, Maryland, USA Summer institute in Statistical Genetics, University of Washington, Seattle Cancer Biotechnology, April 5- May 24, NCI-Frederick, Frederick, Maryland, USA Introduction to the principles and practice of clinical research, October 16February 20, NIH, Bethesda, Maryland, USA Current Topics in Genome Analysis, September 5-December 5, National Human Genome Research Institute, NIH, Bethesda, Maryland, USA Translational Research in Clinical Oncology, September 11-December 11, NIH, Bethesda, Maryland, USA NCBI 11 Mini-Courses series, CIT, NIH, NCI-Frederick, Maryland, USA Short Course: Introduction to the mathematics of biological complexity, March 30-April 2, University of Tennessee-Knoxville, USA Short Course: Modeling the evolutionary genetics of complex phenotypes: A hierarchical approach from sequences to populations, September 7-10, University of Tennessee-Knoxville, USA Sezgin 3 2002 2001 Summer Institute in Statistical Genetics: Introduction to Genomics, Bioinformatics, MCMC for genetics, May 29-June 14, North Carolina State University, USA Drosophila Species Workshop, October 26-28, University of Arizona, USA Hakemli Dergilerde Yayınlanmış Çalışmalar 1. Sezgin, E, Duvernell, DD, Matzkin LM, Duan, Y, Zhu CT, Verrelli BC, and Eanes WF (2004). Single-locus latitudinal clines and their relationship to temperate adaptation in metabolic genes and derived alleles in Drosophila melanogaster. Genetics 168: 923-931. 2. Merritt TJS, Sezgin E, Zhu CT, and Eanes W.F. (2006). Triglyceride pools, flight, and activity variation at the Gpdh locus in Drosophila melanogaster. Genetics 172: 293-304. 3. Eanes WF, Merritt TJS, Flowers JM, Kumagai S, Sezgin E, and Zhu CT (2006). Flux control and excess capacity in the enzymes of glycolysis and their relationship to flight metabolism in Drosophila melanogaster. Proceedings of the National Academy of SciencesUSA 103: 19413-19418. 4. Flowers JM, Sezgin E, Kumagai S, Duvernell DD, Matzkin LM, Schmidt PS, and Eanes WF (2007). Adaptive Evolution of Metabolic Pathways in Drosophila. Molecular Biology and Evolution 24(6):1347-1354 5. Hendrickson SL, Hutcheson HB, Ruiz-Pesini E, Poole JC, Lautenberger J, Sezgin E, et al. (2008). Mitochondrial DNA Haplogroups influence AIDS Progression. AIDS 22(18):242939. 6. Merritt TJS, Kuczynski C, Sezgin E, Zhu CT, Kumagai S, and Eanes WF (2009). Quantifying interactions within the NADP(H) enzyme network in Drosophila melanogaster. Genetics 182: 565-574. 7. Sezgin E, Lind JM, Shresta S, Hendrickson SL, et al. (2009). Association of Y chromosome haplogroup I with HIV progression and HAART outcome. Human Genetics 125:281-294. 8. Somel M and Sezgin E (2010). Genetic Footprints of Natural Selection and Drift in Human Evolution. Hacettepe Journal of Biology and Chemistry 38: 193-220. 9. Sezgin E, Jabs DA, Hendrickson S, Van Natta ML, Troyer JL, Smith MW, O’Brien S J (2010). Effect of host genetics on the development of cytomegalovirus retinitis in patients with AIDS. Journal of Infectious Diseases 202(4):606-613. 10. Sezgin E, Drosdak A, MacIntosh C, et al. Examination of disease-based selection, demographic history and population structure in European Y chromosome haplogroup I. (2010). Journal of Human Genetics 55:613-620. 11. Hendrikson SL, Lautenberger, JA, Chinn LW, Malasky M., Sezgin E et al. (2010). Genetic variants in nuclear-encoded mitochondrial genes influence AIDS progression. PLoSONE 5(9):e12862. Sezgin 4 12. Sezgin E, Hendrickson SL, Jabs DA, Van Natta ML, Troyer JL, Smith MW, O’Brien SJ (2010). Effects of host genetics on incidence of HİV neuroretinal disorder in patients with AIDS. Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes 54(4):343-351. 13. Troyer JL, Nelson GW, Chinn LW, Macintosh C, Johnson RC, Sezgin E, et al. (2011) Genome-wide association study implicates PARD3B-based AIDS restriction. Journal of Infectious Diseases 203(10):1491-1502. 14. Sezgin E, Van Natta ML, Ahuja A, Lyon A, Srivastava S, Troyer JL, O’Brien SJ, and Jabs DA(2011). Association of host genetic risk factors with the course of cytomegalovirus retinitis in patients infected with Human İmmunodeficiency virus. American Journal of Ophthalmology. Jun;151(6):999-1006.e4 15. An P, Li R, Wang JM, Yoshimura T, Takahashi M, Samudralal R, O’Brien SJ, Phair J, Goedert JJ, Kirk GD, Troyer JL, Sezgin E, et al. (2011). Role of Exonic Variation in Chemokine Receptor Genes on AIDS: CCRL2 F167Y Association with Pneumocystis Pneumonia. PLoS Genetics 7(10): e1002328. 16. Limou S, Delaneau O, Van Manen D, An P, Sezgin E, et al. (2012).Multicohort genomewide association study reveals a new signal of protection against HIV-1 acquisition. Journal of Infectious Diseases 205(7):1155-62. 17. Minzhong T, Lautenberger JA, Xiaojiang G, Sezgin E, et al. (2012). The Principal Genetic Determinants for Nasopharyngeal Carcinoma in China Involve HLA Class I Antigen Recognition Groove. PLoS Genetics 8(11):e1003103. 18. Branch AD, Drye TL, Van Natta ML, Sezgin E, et al. (2013). Evaluation of hepatitis C virus as a risk factor for HIV-associated neuroretinal disorder. Clinical Infectious Diseases 57(11):1618-25. 19. Stephen J O’Brien, Anton Svitin, Sergey Malov, Nikolay Cherkazov Pavel Dobrynin, Paul Geerts, Jennifer Troyer, Sher Hendrickson-Lambert, Efe Sezgin, Holli Hutcheson (2014). Gene Discovery and Data Sharing in Genome Wide Association Analyses: lessons form AIDS genetic restriction genes. Journal of Acquired Immune Deficiency Syndromes. 65 (Supplement 2, 15th Annual International Meeting of the Institute of Human Virology):59, April 2014. 20. Svitin A, Malov S, Cherkasov N, Geerts P, Rotkevich M, Dobrynin P, Shevchenko A, Guan L, Troyer J, Hendrickson S, Dilks HH, Oleksyk TK,Donfield S, Gomperts E, Jabs DA, Sezgin E, et al. (2014). GWATCH: a web platform for automated gene association discovery analysis. Gigascience. 2014 Nov 5;3:18. doi: 10.1186/2047-217X-3-18 ecollection 2014. 21. Kasembeli AN, Duarte R, Ramsay M, Mosiane P, Dickens C, Dix-Peek T, Limou S, Sezgin E, et al. (2015). APOL1 Risk Variants Are Strongly Associated with HIV-Associated Nephropathy in Black South Africans. Journal of the American Society of Nephrology: JASN. Epub: doi: 10.1681/ASN.2014050469 22. Jabs DA, Van Natta ML, Sezgin E, Pak JW, Danis R (2015). Prevalence of IntermediateStage Age-Related Macular Degeneration in Patients With Acquired Immunodeficiency Syndrome. American journal of ophthalmology. Epub: DOI http://dx.doi.org/10.1016/j.ajo.2015.01.037 Sezgin 5 Bilimsel Toplantılar ve Sunumlar Sezgin, E. 2014. Genetic determinants of complex phenotypes. University of Puerto Rico, Puerto Rico, USA. (Davetli Konuşmacı) Sezgin, E. 2012. High-throughput Genotyping and Genome-wide Pathway Analysis Identifies a Significant Role for IL-10 Pathway in Infectious Disease Susceptibility The Genomics of Common Diseases 2012, Bolger Center, Potomac, MD, USA. (Poster Sunumu) Sezgin, E. 2011. Genetic/Genomic Variation in Natural Populations as an Architecture of Complex Phenotypes. İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü (Davetli Konuşmacı) Sezgin, E. 2011. Examination of disease based selection, demographic history and population structure in European Y chromosome haplogroup I. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE), Norman, Oklahoma, USA. (Konuşma) Sezgin, E. 2010. Host genetics influence CMV retinitis occurrence in patients with AIDS. HIV Drug Resistance Program Think Thank meeting, NCI-Frederick, USA. (Konuşma) Sezgin, E. 2010. Host genetics of HIV-1/AIDS. New York University Department of Medicine (Davetli Konuşmacı) Sezgin, E. 2009. Effect of host genetics on the outcome of HIV-1 infection and AIDS related pathologies. Bilkent Üniversitesi (Davetli Konuşmacı) Sezgin, E. 2009. Host genetic factors influencing HIV-1 infection and progression to AIDS. National Cancer Institute fellows retreat, Hersey, Pennsylvania, USA. (Poster Sunumu) Sezgin E. 2006. Human Y chromosome haplogroups and HIV1/AIDS progression. National Cancer Institute, Laboratory of Genomic Diversity Retreat, Ocean City, MD, USA. (Konuşma) Sezgin, E. 2005. The molecular adaptation of trehalose pathway genes in Drosophila melanogaster and Drosophila simulans.Orta Doğu Teknik Üniversitesi (Davetli Konuşmacı) Sezgin, E and W.F. Eanes. 2004. Population genetics of trehalose pathway genes in Drosophila melanogaster. 45th Annual Drosophila Research conference, Washington, DC, USA. (Poster Sunumu) Sezgin, E and W.F. Eanes. 2002. Adaptive amino acid evolution at the G-6-pase locus in D. simulans lineage. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE), UrbanaChampaign, Illinois, USA. (Poster Sunumu) Sezgin, E. and W. F. Eanes. 2001. Sequence variation of metabolic pathway genes in Drosophila melanogaster. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE), Knoxville, Tennessee, USA. (Konuşma) Sezgin, E. and W. F. Eanes. 2000. Molecular evolution of a metabolic pathway gene (PGLYM) and its pseudogene in Drosophila melanogaster. Annual Meeting of the Society of the Study of Evolution (SSE), Bloomington, Indiana, USA. (Konuşma) Sezgin 6