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CURRICULUM VITAE Miguel Xavier Jesus Josefat Fernandes 1.
FORMAÇÃO ACADÉMICA 9
Doutoramento em Bioquímica pela Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (2000). 9
Licenciatura em Bioquímica pela Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa (1993). 2.
ACTIVIDADE PROFISSIONAL 2.1 Actividade Científica 9
Setembro 2004 – presente: Investigador do Centro de Química da Madeira e Coordenador do Laboratório de Modelação Molecular. 9
Novembro 2006 – Abril 2009: Coordenador do Grupo de Investigação de Materiais do Centro de química da Madeira. 9
Março 2003 – Setembro 2004: Investigador Associado (Research Associate) no Center for Advanced Research in Biotechnology, Maryland (EUA), no grupo do Prof. Michael K. Gilson. 9
Setembro 2000 – Dezembro 2002: Pós‐doutoramento no Grupo de Macromoléculas da Universidad de Murcia (Espanha) com coordenação científica do Prof. José García de la Torre. 2.2 Actividade Pedagógica Universitária 9
Setembro 2004 – presente: Professor Auxiliar no Departamento de Química da Universidade da Madeira. 2.3 Actividade Administrativa e de Gestão 9
Novembro 2004 – Abril 2009: Director de Curso da Licenciatura em Bioquímica da Universidade da Madeira 2.4 Orientação de Formação Avançada 9
Setembro 2008 – presente: Orientação do projecto de Mestrado em Bioquímica Aplicada de Freddy Rodrigues “Avaliação de compostos com actividade inibidora da glicoproteína‐P”. 9
Setembro 2008 – presente: Orientação do projecto de Mestrado em Bioquímica Aplicada de Inês Sousa “Identificação de alvos na terapia anti‐cancerígena utilizando técnicas de modelação molecular”. 9
Abril 2008 – presente: Orientação do bolseiro de pós‐doutoramento Visvaldas Kairys com o programa de trabalho “Computational modeling of phosphodiesterase 3 inhibitors”. 9
Outubro 2007 – presente: Orientação do bolseiro de pós‐doutoramento Viney Lather com o programa de trabalho “Design and development of PPARδ selective ligands using structure based and ligand based computational approaches”. 9
Janeiro 2006 – presente: Co‐orientação do doutoramento de Carla Alves com o programa de trabalho “Dinâmica conformacional do péptido penetrador de células, Pep‐1, em sistemas modelos de membrana: estudos de simulação computacional e espectroscópicos”. 1
9
Abril 2005 – Março 2008: Orientação do bolseiro de pós‐doutoramento Visvaldas Kairys com o programa de trabalho “Integration of genomic and structural information to choose new therapeutical targets and develop new drugs against malaria”. 3.
PUBLICAÇÕES 3.1. Artigos 9 Lather V, Kairys V, Fernandes MX (2009) QSAR models with receptor dependent descriptors for predicting peroxisome proliferator activated receptor (PPAR) activities of thiazolidinedione and oxazolidinedione derivatives. Chem Biol Drug Des, 73: 428‐441. 9 Lather V, Fernandes MX (2009) QSAR models for prediction of PPARδ agonistic activity of indanylacetic acid derivatives. QSAR Comb Sci, 28: 447‐457. 9 Altman MD, Ali A, Reddy GSKK, Nalam MN, Anjum SG, Cao H, Chellappan S, Kairys V, Fernandes MX, Gilson MK, Schiffer CA, Rana TM, Tidor B (2008) HIV‐1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug‐resistant variants. J Am Chem Soc, 130: 6099‐6113. 9 Chellappan S, Reddy GSKK, Ali A, Nalam MNL, Anjum SG, Cao H, Kairys V, Fernandes MX, Altman MD, Tidor B, Rana TM, Schiffer CA, Gilson MK (2007) Design of mutation‐resistant HIV protease inhibitors with the substrate envelope hypothesis. Chem Biol Drug Des, 69: 298‐313. 9 Chellappan S, Kairys V, Fernandes MX, Schiffer CA, Gilson MK (2007) Evaluation of the substrate envelope hypothesis for inhibitors of HIV‐1 protease. Proteins, 68: 561‐567. 9 Kairys V, Fernandes MX (2007) SitCon: Binding site residue conservation visualization and protein sequence‐to‐function tool. Int J Quantum Chem, 107: 2100‐2110. 9 Kairys V, Gilson MK, Fernandes MX (2006) Using protein homology models for structure based studies: Approaches to model refinement. The Scientific World Journal, 6: 1542‐1554. 9 Kairys V, Fernandes MX, Gilson MK (2006) Screening drug‐like compounds by docking to homology models: a systematic study. J Chem Inf Model, 46: 365‐379. 9 Castanho MARB, Fernandes MX (2006) Lipid membrane‐induced optimization for ligand‐receptor docking: recent tools and insights for the "membrane catalysis" model. Eur Biophys J, 35: 92‐103. 9 Fernandes MX, Kairys V, Gilson MK (2004) Comparing ligand interactions with multiple receptors via serial docking. J Chem Inf Comput Sci, 44: 1961‐1970. 9 Bernadó P, Fernandes MX, Jacobs DM, Fiebig K, García de la Torre J, Pons M (2004) Interpretation of NMR relaxation properties of Pin1 a two‐domain protein based on Brownian dynamic simulations. J Biomol NMR, 29: 21‐35. 9 Castanho MARB, Lopes S, Fernandes MX (2003) Using UV‐Vis. linear dichroism to study the orientation of molecular probes and biomolecules in lipidic membranes. Spectroscopy, 17: 377‐398. 9 García de la Torre J, Perez Sanchez HE, Ortega A, Hernandez JG, Fernandes MX, Diaz FG, Lopez Martinez MC (2003) Calculation of the solution properties of flexible macromolecules: methods and applications. Eur Biophys J, 32: 477‐486. 9 Fernandes MX, García de la Torre J (2002) Brownian dynamics simulation of rigid particles of arbitrary shape in external fields Biophys J, 83: 3039‐3048. 9 Fernandes MX, Castanho MARB, García de la Torre J (2002) Brownian Dynamics simulation of the unsaturated molecules oleic and docosahexaenoic acid confined in a cellular membrane Biochim Biophys Acta, 1565: 29‐35. 9 Fernandes MX, García de la Torre J, Castanho MARB (2002) Joint determination by Brownian dynamics and fluorescence quenching of membrane biomolecules in‐depth location profile Anal Biochem, 307: 1‐12. 9 Fernandes MX, Ortega A, López Martínez MC, García de la Torre J (2002) Calculation of hydrodynamic properties of small nucleic acids from their atomic structures. Nucl Acid Res, 30: 1782‐1788. 2
9 Fernandes MX, Bernadó P, Pons M, García de la Torre J (2001) An analytical solution to the problem of the orientation of rigid particles by planar obstacles. Application to membrane systems and to the calculation of dipolar couplings in protein NMR spectroscopy. J Am Chem Soc, 123: 12037‐12047. 9 Lopes S, Fernandes MX, Prieto M, Castanho MARB (2001) Orientational order of the polyene fatty acid membrane probe trans‐parinaric acid in Langmuir‐Blodgett multilayer films. J Phys Chem B, 105: 562‐568. 9 Fernandes MX, García de la Torre J, Castanho MARB (2000) A Brownian dynamics simulation of an acyl chain and a trans‐parinaric acid molecule confined in a phospholipid bilayer in the gel and liquid‐crystal phases. J Phys Chem B, 104: 11579‐ 11584. 9 Fernandes MX, Huertas ML, Castanho MARB, García de la Torre J (2000) Conformation and dynamic properties of a saturated hydrocarbon chain in a model membrane: a Brownian dynamics simulation. Biochim Biophys Acta, 1463: 131‐141. 9 Santos NC, Fernandes MXJJ, Castanho MARB (1999) Overcoming angular dependence when teaching light scattering using a spectrofluorometer. The molecular weights of latex beads. J Chem Educ, 76: 1259‐1259. 9 Fernandes MX, Huertas ML, Castanho MARB, García de la Torre J (1999) Simulation of the distribution and diffusion of a rigid amphipatic particle embedded in a model membrane. Biophys. Chem. 79: 41‐53. 9 Fernandes MXJJ, Santos NC, Castanho MARB (1998) Continuous particle size distribution analysis with dynamic light scattering. MAXAMPER: a regularization method using the maximum amplitude for the average error and the Lagrange´s multipliers method. J Biochem Biophys Methods, 36: 101‐117. 3.2. Capítulos em livros 9 Alves CS, Kairys V, Fernandes MX “Domain motions associated with substrate and inhibitor binding: The relevance of distance Matrixes”, pp. 161‐199, in Protein Conformation: New Research, Roswell LB Eds., Nova Publishers, 2008, ISBN: 978‐1‐60456‐219‐4. 4.
PRÉMIOS E DISTINÇÕES 9
Janeiro 2008: O artigo publicado na revista Proteins (2007) foi recomendado pelo Faculty of 1000 Biology. 9
Novembro 2007: O artigo publicado na revista Chem Biol Drug Des (2007) foi recomendado pelo Faculty of 1000 Biology. 5.
PATENTES E SOFTWARE 9
Fernandes MX (co‐inventor), Inibidores da protease do HIV‐1, Patente internacional (Europeia) (nº1937631, 2008) 9
SitCon: software para determinação da função de proteínas desconhecidas (http://www.uma.pt/molmodel/m3l/sitcon.html) 3