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51º Congresso Brasileiro de Genética
Resumos do 51º Congresso Brasileiro de Genética • 7 a 10 de setembro de 2005
Hotel Monte Real • Águas de Lindóia • São Paulo • Brasil
www.sbg.org.br - ISBN 85-89109-05-4
[email protected]
palavras-chave: 16S, taxonomia, filogenia, bioinformática
Saito, D; Gonçalves, RB
Laboratório de Microbiologia e Imunologia, Departamento de Diagnóstico Oral; Faculdade de Odontologia de Piracicaba, Universidade
Estadual de Campinas.
Ferramentas de biologia
computacional auxiliam na classificação
taxonômica de filotipos bacterianos
desconhecidos em infecção oral
A análise de bibliotecas clonais do gene ribossomal 16S (16S rDNA) constitui metodologia de grande
aplicabilidade no estudo de diversidade bacteriana em infecções humanas, eliminando a necessidade de
cultivo bacteriano e permitindo a detecção de espécies não cultiváveis e/ou previamente desconhecidas.
No presente estudo, ferramentas de bioinformática disponíveis pela Word Wide Web foram utilizadas na
determinação da diversidade bacteriana em infecções dentárias polimicrobianas, através da análise de
bibliotecas clonais de DNA ribossomal 16S. Quatrocentos e noventa seqüências nucleotídicas foram
geradas e agrupadas em 41 grupos com 99% de identidade gênica entre si, denominados filotipos. A
análise comparativa de seqüências representativas dos filotipos obtidos com aquelas encontradas em
bancos de dados internacionais (GenBank, EMBL e DDBJ), através do algoritmo blastn, revelou que
4 destas espécies não correspondiam àquelas previamente depositadas, utilizando-se um valor mínimo
de identidade gênica de 98%. O 16S rDNA destes clones foi seqüenciado com primers adicionais e a
montagem das seqüências contíguas foi realizada pelo conjunto de programas Phred/ Phrap/ Consed.
A análise online através do Chimera Check foi utilizada para averiguação da inexistência de moléculas
quiméricas, que ocorre comumente em ensaios de amplificação de genes conservados. Os novos
filotipos foram classificados taxonomicamente pelo software Naive Bayesian rRNA Classifier v.1.0,
sendo nomeados respectivamente: Uncultured Clostridiales bacterium clone AG_D03 (AY821867),
Uncultured Clostridiaceae bacterium clone AG_G04 (AY821868), Uncultured Streptococcaceae bacterium
clone AF_F05 (AY821869) e Uncultured Mogibacterium sp. clone AF_H06 (AY821870). Vinte e sete
espécies representativas da ordem Clostridiales foram eleitas através do software Hierarchy Browser
para posterior análise filogenética. As seqüências 16S rDNA correspondentes aos novos filotipos e aos
representantes de Clostridiales foram visualizadas e editadas através do software Bioedit 7.0.4, sendo
submetidas ao alinhamento múltiplo pelo programa ClustalW e ao cálculo de distâncias e montagem
de árvore filogenética pelo software MEGA 2.0. Os resultados obtidos pela classificação taxonômica
(Naive Bayesian Classifier) e pela análise filogenética (MEGA 2.0) apresentaram-se em concordância,
o que demonstra a confiabilidade das ferramentas de bioinformática utilizadas neste estudo.
Apoio financeiro: FAPESP, CNPq.
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